Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-1 2015

    
İmmünsüprese Hastalarda Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Real - Time PCR) ile BKV ve JCV DNA Pozitifliğinin Araştırılması
Meryem ÇOLAK1, Aylin ALTAY1, Yasemin ERTEN2, Zübeyde Nur ÖZKURT3, Seçil ÖZKAN4, Ahmet PINAR5, Gülendam BOZDAYI1

Anahtar Sözcükler: BK-JC virüs, immünsüpresif hasta, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu

Amaç:
BK virüs (BKV) ve JC virüs (JCV) DNA pozitifliğinin risk grubunda olan hastalarda gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real - Time PCR) ile retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2014 Mart - 2015 Mayıs tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 129 hastaya ait, toplam 296 örnek dâhil edilmiştir. Klinik örneklerden nükleik asit izolasyonu “MagNA - Pure Compact Nucleic Acid Isolation” (Roche, Almanya) kiti kullanılarak yapılmıştır. Viral DNA amplifikasyonu JCV ve BKV primer dizilerini içeren amplifikasyon karışımı “LightMix® BK/JC Polyomavirus Detection” (TIB - Molbiol GmbH, Almanya) kiti ile LightCycler® 2.0 (Roche, Almanya) cihazında yapılmıştır.

Bulgular: Çalışılan örneklerde %35.4 (105/296) BKV ve JCV DNA pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar örneklerinin %56.5 (26/46)'inde BKV, %10.8 (5/46)'inde JCV DNA varlığı saptanmıştır. Kan örneklerinde %29.2 (73/250) BKV, %3.2 (8/250) JCV, %2.4 (6/250) hem BKV hem de JCV DNA'sı saptanmıştır. BKV ve JCV pozitiflik oranlarının örneklerin gönderildiği kliniklere göre dağılımı, kemik iliği transplantasyon ünitesi %59.6 ve %13.4, çocuk nefroloji %32.4 ve %1.2, erişkin nefroloji %16.8 ve %2.9'dur. Erişkin ve çocuk hematoloji servislerinden gelen örneklerde sırasıyla %78.5 (11/14) ve %57.1 (8/14) BKV pozitifliği, çocuk hematolojide bir hastada BKV ve JCV pozitifliği tespit edilmiştir. Erişkin hematoloji servisinden gelen örneklerde JCV pozitifliği bulunmamıştır. Çalışılan örneklerin %25.2 (25/99)'sinde BKV DNA ≥104 kopya/ml olarak tespit edilmiş olup, bu örneklerin %80 (20/25)'inin idrar olduğu görülmüştür.

Sonuç: Böbrek transplant hastalarında BKV riskinin artması nedeniyle BKV'ün gerçek zamanlı PZR ile izlenmesi oldukça önemlidir. Yapılan birçok çalışmada, BKV yükü böbrek transplantasyonu sonrası greft fonksiyon bozukluğu ve organ reddi ile ilişkili bulunmuştur. Gerçek zamanlı PZR ile BKV nefropatisinin düzenli olarak takibi ve kantitasyon verilmesi sayesinde, transplantasyon sonrası organ kayıpları belirgin oranda azalacaktır.


Çocuklarda Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) Enfeksiyonlarının Tanısında Hücre Kültürü ve Direkt Floresan Antikor Testi Yöntemlerinin Karşılaştırılması
İmran SAĞLIK1, Derya MUTLU1, Gözde ÖNGÜT1, Sevtap VELİPAŞAOĞLU GÜNEY2, Dilara ÖĞÜNÇ1, Dilek ÇOLAK

Anahtar Sözcükler: Alt solunum yolu enfeksiyonu, direkt floresan antikor, hücre kültürü, RSV

Amaç: Çocukluk çağında sıklıkla görülen enfeksiyon hastalıklarından biri olan alt solunum yolu enfeksiyonlarının (ASYE) en sık etkeni respiratuvar sinsityal virüs (RSV)'tür. Bu çalışmanın amacı ASYE tanısı alan 0 - 5 yaş grubundaki çocuklarda RSV'nin hücre kültürü ve direkt floresan antikor (DFA) yöntemleri ile araştırılması ve sonuçların hastaların klinik bulguları ile birlikte değerlendirilmesidir.

Gereç ve Yöntem: ASYE tanısı alan 0 - 5 yaş arasındaki 107 ayaktan (poliklinik) ve 55 yatan (servis) olmak üzere 162 hasta çalışmaya alınmıştır. Hastaların nazofaringeal sürüntü örnekleri flocked eküvyon ile alınarak viral transport besiyeri (Copan Diagnostics, Brescia, İtalya) içinde laboratuvara ulaştırılmıştır. A549 hücreleri ile hazırlanan shell - vial hücre kültürlerine örnekler inoküle edilip, 48 - 72 saat inkübe edildikten sonra fikse edilen hücrelerde RSV varlığı floresanla işaretli monoklonal antikorlar (Anti - RSV Group FITC, Argene, BioMérieux, Fransa) aracılığı ile araştırılmıştır. DFA yöntemi için örneklerden direkt sitospin preparatları hazırlanarak, preparatlar RSV varlığı açısından floresanla işaretli monoklonal antikorlar ile benzer şekilde incelenmiştir. Hücre kültürü ve DFA test sonuçları uyumsuz olan örneklerde RSV RNA'sı ticari bir kit (RealStar RSV RT - PCR Kit, Altona Diagnostics, Almanya) ile gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca hastalara ait semptom, fizik muayene ve diğer laboratuvar bulguları ile uygulanan tedaviler kaydedilmiştir.

Bulgular: İncelenen 162 örneğin 43'ünde (%26.5) hücre kültürü ile RSV saptanmıştır. Bu örneklerin 38'inde (%24.3) hem hücre kültürü hem de DFA ile RSV saptanmış, 115 (%71.0) örnek her iki testle de negatif bulunmuştur. Hücre kültürü ile pozitif olan beş örnek DFA ile negatif, DFA ile pozitif olan dört örnek hücre kültürü ile negatiftir. Bu dokuz örnekte RSV PZR testinin sonucu hücre kültürü ile uyumlu bulunmuştur. Hücre kültürü referans alınarak DFA yönteminin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri (PPD) ve negatif prediktif değeri (NPD) sırası ile %88.4, %96.6, %90.5, %95.8 olarak saptanmıştır. RSV pozitif hastaların yaş ortalaması (11.2±11.3 ay), RSV negatif saptanan hastaların yaş ortalamasından (21.7±18.6 ay) anlamlı olarak düşüktür (p=0.001). RSV saptanan ve saptanmayan hastalar arasında cinsiyet, semptom, fizik muayene bulguları, uygulanan tedavi ve diğer laboratuvar bulguları (CRP, lökositoz, nötrofil yüksekliği, lenfesitoz ve trombositoz) açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır (hepsi için p>0.05). Aylara göre test istemine bakıldığında istemlerin %93.8'inin Ocak, Şubat ve Mart aylarında yapıldığı ve tüm pozitiflerin bu aylarda saptandığı görülmüştür.

Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada, ASYE olan beş yaş altındaki çocuklarda %26.5 oranında RSV saptandığı ve bu oranın erken yaşlarda anlamlı olarak arttığı görülmüştür. Virüsün tanısında DFA yöntemi yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olup hem hızlı tanı hem de örnek kalitesinin değerlendirilebilmesini sağlamaktadır.


Klinik Candida lusitaniae Kökenlerinin Amfoterisin B'ye İn Vitro Duyarlılığı: Çok Merkezli Çalışma
Ayşe KALKANCI1, Kenan HIZEL2, Ali FOUAD1, Nilgün ÇERİKÇİOĞLU3, Işın AKYAR4, Rukiye BERKEM5, Zayre ERTURAN6, Semra KUŞTİMUR1

Anahtar kelimeler: Amfoterisin B, Candida lusitaniae, duyarlılık

Amaç: Amfoterisin B (AmB) invazif mantar enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan poliyen grubu bir antifungaldir. Klinikte Candida lusitaniae ile oluşan mantar enfeksiyonlarının AmB tedavisine yanıt vermediği, in vitro duyarlılık testlerinde kökenlerin dirençli bulunduğu bildirilmiştir. AmB ile karşılaşma sonrasında minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin yükseldiği ile ilgili çalışmalar bulunduğu gibi, tersine kökenlerin bütünüyle AmB'ye duyarlı olduğunu bildiren çalışmalar da bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, C. lusitaniae kökenlerinin AmB duyarlılığının gösterilmesidir.

Gereç ve Yöntem: Bu çalışma kapsamında dört ayrı merkezden tür düzeyinde tanımlanmış 60 C. lusitaniae kökeni toplanmıştır. Toplanan kökenlerin tür düzeyinde tanımlanmaları üç merkezde klasik mikolojik yöntemler ile yapılmıştır. Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda tür tanımı MALDI - TOF cihazı ile gerçekleştirilmiştir. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda kökenlere in vitro duyarlılık testi uygulanmıştır. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) mikrodilüsyon yöntemi ve E - test yöntemi ile MİK değerleri elde edilmiştir.

Bulgular: Mikrodilüsyon yönteminden elde edilen MİK değerlerine göre MİK aralığı 0.125 - 2 μg/ml, MİK50 değeri 0.5 μg/ml, MİK90 değeri 1 μg/ml olarak hesaplanmıştır. E - test sonucunda elde edilen MİK değerlerine göre MİK aralığı 0.012 - 2 μg/ml, MİK50 değeri 0.25 μg/ml, MİK90 değeri 0.75 μg/ml olarak hesaplanmıştır. Mikrodilüsyon yöntemi sonuçlarına göre 60 kökenden 8 tanesinden (%13), E - test sonuçlarına göre 6 tanesinden (% 10) ≥ 1 μg/ml MİK değerleri elde edilmiştir. Mikrodilüsyon ile iki, E - test ile bir köken için MİK değeri 2 μg/ml olarak bulunmuştur.

Sonuç: Bu in vitro çalışma, AmB'ye intrensek dirençli olduğu ileri sürülen C. lusitaniae kökenlerinin in vitro duyarlı olduğunu, bu nedenle C. lusitaniae enfeksiyonlarında AmB kullanımı seçeneğinin yeniden gözden geçirilmesi gerektiğini ortaya çıkarmıştır. Sonuçlarımız in vivo modeller ile desteklendiğinde daha kesin yargılara varılabilecektir.


Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae Suşlarında GSBL Üretiminin Saptanmasında VITEK - 2 Otomatize Sistemi ile Çift Disk Sinerji Testinin Karşılaştırılması
Serpil GENÇ, Devrim DÜNDAR

Anahtar Sözcükler: Çift disk sinerji testi, GSBL, VITEK 2

Amaç: CLSI ve EUCAST'ın yenilenen dökümanlarında genişlemiş spektrumlu beta - laktamaz (GSBL) varlığının araştırılması rutin olarak önerilmese de, hâlen enfeksiyon kontrolü amacı ile ve epidemiyolojik çalışmalarda araştırılması önerilmektedir. Bu çalışmada, GSBL varlığını saptamada VITEK 2 (bioMérieux, Fransa) tam otomatize sistemi ile Çift Disk Sinerji (ÇDS) testi arasında fark olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Çeşitli klinik örneklerden 2014 yılı içerisinde enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 95 Escherichia coli ve 61 Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya alınmıştır. Daha önce VITEK 2 sistemi ile duyarlılık testleri yapılmış olan suşlar stoktan çıkarıldıktan sonra iki kez pasajlanmış ve ÇDS testi uygulanmıştır. VITEK 2 ile GSBL pozitif bulunan altı K. pneumoniae ve iki E. coli suşu ÇDS testinde tüm antibiyotiklere dirençli bulunduğundan, değerlendirmeye alınmamıştır.

Bulgular: VITEK 2'nin GSBL negatif sonuç verdiği bir E. coli ve üç K. pneumoniae suşu ÇDS testi ile GSBL pozitif; VITEK 2'nin GSBL pozitif sonuç verdiği on iki E. coli ve dört K. pneumoniae suşu ise ÇDS testi ile negatif bulunmuştur. ÇDS testi altın standart olarak kabul edildiğinde, VITEK 2'nin duyarlılığı %93.3, özgüllüğü %81.8, yanlış pozitiflik oranı %18.1, yanlış negatiflik oranı %6.6 ve doğruluk oranı %86.4 olarak saptanmıştır.

Sonuç: Çalışmamızda elde ettiğimiz verilere göre, VITEK 2 otomatize sistemi ile GSBL saptanmasında yalancı negatif ve yalancı pozitif sonuçlar alınabilmekle birlikte, duyarlılık ve özgüllüğünün yüksek olduğu görülmektedir. Ancak bunun referans yöntem olmadığı unutulmamalı, uyumsuz sonuçlarda ikinci bir test ile GSBL varlığı/yokluğu doğrulanmalıdır.


Yoğun Bakım Ünitesi Hastaları Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida parapsilosis Suşlarının Mini Epidemiler Bakımından Araştırılması
Efdal OKTAY, Harun GÜLBUDAK, Didem ÖZGÜR, Feza OTAĞ

Anahtar Sözcükler: Candida parapsilosis, Nozokomiyal fungal enfeksiyon, rep-PCR DiversiLab

Amaç: Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda kateterizasyona bağlı olarak gelişen fungal enfeksiyonlar arasında en sık kan dolaşımı enfeksiyonları görülmektedir. Candida albicans endojen kaynaklı olmasından dolayı nozokomiyal fungal enfeksiyonlarda ilk sırada yer almaktadır. Antifungal tedaviye daha zor yanıt veren Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Candida glabrata gibi albicans - dışı Candida türleriyle karsılaşma oranı hızla artmaktadır. Bu çalışmada, nozokomiyal potansiyeli bulunduğu bilinen C. parapsilosis suşlarının klonal yakınlıklarının rep - PCR (Repetitive Extragenic Palindromic Element - Polimeraz Zincir Reaksiyonu, bioMeriéux, Fransa) DiversiLab® yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Ocak 2012 ve Haziran 2013 yılları arasında santral venöz kateterden alınan kan örneklerinden izole edilen 33 C. parapsilosis suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Klasik yöntemlerle tür tanısı yapılan suşların klonal ilişkileri rep - PCR DiversiLab® sistemi ile belirlenmiştir.

Bulgular: Rep - PCR DiversiLab® sistemi ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda üç (A - C) farklı klon tespit edilmiş, A klonunun (%87.8, n=29) baskın tip olduğu belirlenmiştir. B klonuna ait 3 suş, C klonunda ise bir suş saptanmıştır. A klonu, reanimasyon ünitesi örneklerinin %48.2'sinden, pediyatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin %20.6'sı, cerrahi yoğun bakım ünitesi örneklerinin %17.2'sinden ve dahiliye yoğun bakım ünitesi örneklerinin %13.7'sinden izole edilmiştir. İlk ve son suşun izolasyon tarihleri arasında on sekiz aylık süre olduğu belirlenmiştir.

Sonuç: C. parapsilosis suşlarının servisler arası transfer edilen hastalar ve çapraz bulaşlar sonucu yayıldığı düşünülmüştür. Çalışmada kullanılan rep - PCR DiversiLab® sisteminin epidemiyolojik çalışmalarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek kolay uygulanabilen, hızlı ve başarılı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır. Suşların hastane ortamındaki dağılımının klonal ilişki göstermesi, enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemini bir kez daha vurgulamaktadır.


Kan Kültürlerinde İzole Edilerek Tanımlanan Mikroorganizmaların ve Antibiyotik Direnç Oranlarının Belirlenmesi
Halil ER1, Gülşah AŞIK2, Özlem YOLDAŞ2, Cengiz DEMİR2, Recep KEŞLİ2

Anahtar Sözcükler: Antibiyotik duyarlılığı, kan kültürü, sepsis

Amaç: Sepsis, mikroorganizmaların ve toksinlerinin kana karışımı sonucu gelişen, hayatı tehdit eden ve çok hızlı ilerleyen klinik bir tablodur. Bu çalışmanın amacı, Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde yatan hastalara ait kan kültürlerinden sepsis etkeni olarak izole edilen mikroorganizmaların tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç oranları belirlenmesidir.

Gereç ve Yöntem: Kan kültürü örnekleri BACT/ALERT 3D (BioMérieux, Marcy I'Etoile, Fransa) otomatize sistemi ile 5 gün inkübe edilmiştir. Mikroorganizmaların identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve BD Phoenix otomatize sistem (Becton Dickinson, Sparks, Maryland, ABD) ile yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları CLSI önerileri doğrultusunda Kirby - Bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir.

Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen 4262 kan kültüründen 765 (%17.9)'i bakteriyemi ve sepsis etkeni olarak değerlendirilmiştir. İzole edilen mikroorganizmalar arasında ilk sırayı Staphlococcus aureus (n:293, %38.3) alırken, bunu koagülaz negatif Stafilokoklar (KNS) (n:139, %18.2), Escherichia coli (n:93, %12.1), Enterococcus spp. (n:56, %7.3), Klebsiella pneumoniae (n:54, %7.1), Acinetobacter baumannii (n:37, %4.8), Pseudomonas aeruginosa (n:31, %4.1), Brucella spp. (n:25, %3.3), Candida spp. (n:25; %3.3), Streptococcus pneumoniae (n:7; %0.9) ve Serratia marcescens (n:5, %0.6) izlemiştir. S. aureus ve KNS üreyen örneklerde metisilin direnci sırası ile %71.7 ve %59.0 olarak tespit edilmiştir. Enterokoklarda ise %5.4 oranında vankomisin direncine rastlanmıştır. Enterobacteriaceae türlerinde en yüksek oranda direnç seftazidime karşı görülürken, karbapenemlerin en etkili antibiyotik grubu olduğu belirlenmiştir. Nonfermentetif bakterilerde ise aminoglikozidlerin en etkili antibiyotik grubu olduğu belirlenmiştir.

Sonuç: Kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve bunların antibiyotik duyarlılıkları bölgelere ve hastanelere göre farklılık göstermektedir. Bu nedenle her hastanenin belli aralıklarla sepsis etkeni olan mikroorganizma dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarını raporlaması gerektiği düşünülmektedir.

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın