Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-2 2015

    
DERLEME

1. Mikroorganizmalardan Tek Hücre Yağları Üretimi
Single Cell oil Production from Microorganisms
doi: 10.5222/TMCD.2015.055 Sayfalar:55-67
Sevda Darcan, Nermin Sarıgül

Mikrobiyal yağlar (Single Cell Oil; SCO) hücrelerinde yağ biriktiren maya, küf, alg ve bakteriler tarafından üretilirler ve SCO üretimi uzun yıllardır endüstriyel ve bilimsel araştırma konusu olarak ilgi çekmektedir. Günümüzde tek hücre yağları gıda, ilaç ve bakım ürünlerindeki fonksiyonel yağların ve biyodizel üretiminde hammadde kaynağı olarak da önemlidir.

Bitkisel ve hayvansal yağ kaynakları ile kıyaslandığında SCO’nun mikroorganizmalar tarafından üretilmesinin çeşitli avantajları vardır. Bu avantajlar; fermentasyon proseslerinin iklim koşullarından bağımsız olması, atık ürünlerin kullanılması ile gıda olarak da kullanılabilecek kaynaklarla rekabetten sakınılması ve çevre dostu üretim yapılmasıdır. Ayrıca “rekombinant biyoteknoloji” uygulamaları ile strain geliştirilmesi sonucunda yüksek hacimde, farklı, değerli ve ender bulunan tek hücre yağlarının üretilmesi sağlanmaktadır.

Yüksek fermentasyon maliyetleri gelecekteki uygulamaları engellemektedir ve endüstriyel boyutta üretim potansiyeline şüpheli yaklaşılmasına neden olmaktadır. Bu nedenle çeşitli hidrofilik ve hidrofobik substratlar SCO üretimi için değerlendirilmektedir. SCO üretimi verimi karbon kaynağının tipi, azot kaynağı, sıcaklık, pH, süre, çözünmüş oksijen miktarı gibi çevresel koşullardan etkilenmektedir ve mikroorganizma türüne ve strainine bağlıdır. Tek hücre yağı üretiminde üretilen yağın miktarı ve yağ asidi kompozisyonu da çevresel koşullardan ve fermentasyon strainlerine bağlı olarak değişmektedir.

Anahtar Kelimeler: Endüstriyel üretim, mikroorganizmalar, tek hücre yağları

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Klebsiella İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Oranlarının Değerlendirilmesi
Evaluation of Antimicrobial Resistance Rates of Klebsiella Isolates
doi: 10.5222/TMCD.2015.068 Sayfalar:68-74
Hakan Temiz, Erdal Özbek, Demet Gür Vural, Tuncer Özekinci

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerinden soyutlanan Klebsiella izolatlarının antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: İzole edilen Klebsiella cinsi bakterilerin çeşitli antibiyotiklere direnç oranları retrospektif olarak incelenmiştir. Çalışmaya, 2012-2014 yılları arasında, çeşitli klinik örneklerde üreyen ve etken olarak kabul edilen 507 adet Klebsiella cinsi bakteri alınmıştır. İzole edilen mikroorganizmaların tanımlanmaları ve antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2 ID-AST (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır ve sonuçlar “Clinical and Laboratory Standards Institute” standartlarına göre yorumlanmıştır.

BULGULAR: Çalışmaya dâhil edilen 507 Klebsiella izolatının 479’unun (%94.5) Klebsiella pneumoniae, 28’inin (%5.5) Klebsiella oxytoca olduğu saptanmıştır. Elde edilen izolatlar; sıklık sırasıyla 208’i (%41) idrar, 121’i (%23.9) kan, 83’ü (%16.4) trakeal aspirat, 76’sı (%15) yara ve 19’u (%3.7) diğer klinik örneklerinden izole edilmiştir. Beş yüz yedi adet Klebsiella izolatların 330’unda (%65.1) GSBL üretimi saptanmıştır. GSBL üreten ve üretmeyen izolatlarda in-vitro en etkili antimikrobiyaller her iki tür için amikasin ve imipenem olarak bulunmuştur. GSBL üreten K. pneumoniae izolatlarında amikasin direnci %18 oranında, imipenem direnci ise %23.5 oranında saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Tüm merkezler kendi etken ve direnç profilini saptayarak uygun antibiyotik politikalarını oluşturmalı ve profilaktik tedaviler için yol gösterici olan güncel bilgileri takip etmelidirler.

Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal direnç, GSBL, Klebsiella spp

3. Sepsis Şüphesi Olan Hastalarda LightCycler® SeptiFast Testinin Tanı Değeri
Diagnostic Value of the LightCycler® SeptiFast Assay in Patient with Presumed Sepsis
doi: 10.5222/TMCD.2015.075 Sayfalar:75-82
Şule Çolakoğlu, Meryem Coşar Bulat, Tuba Turunç 

GİRİŞ ve AMAÇ: Sepsis hastalarında patojenin erken tanısı mortaliteyi azaltmak için çok önemlidir. Nükleik asit amplifikasyon teknikleriyle kanda bakteriyel ve mantar patojenlerin tespiti, kan kültürüne göre daha hızlı sonuç alınmasını sağlar. Bu çalışmada, ticari bir multipleks ve polimerize zincir reaksiyonu sisteminin (SeptiFast), sepsis şüphesi olan hastalarda tanı değerini inceledik. SeptiFast testi sonuçlarını kan kültürü sonuçlarıyla karşılaştırdık.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Üçüncü basamak sağlık hizmeti veren bir hastanede, sepsis şüphesi olan hastalardan alınan kan örneklerinin BACTEC 9240TM sisteminde kan kültürü ve LightCycler® SeptiFast testi analizi yapıldı.

BULGULAR: Çalışmaya alınan 126 hastadan toplam 252 kan örneğinde, toplam uyumlu sonuç oranı %85.7’dir. SeptiFast testinde pozitiflik oranı kan kültürüne göre fazladır (%19.8’e karşılık %11.9 p<0.001).

TARTIŞMA ve SONUÇ: Özellikle kritik hastalarda SeptiFast testinin kan kültürüyle birlikte çalışılması, daha fazla patojen saptanmasında ve etkenin hızlı tespitinde yararlı olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Sepsis, SeptiFast, tanı

4. Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram Negatif Bakterilerde Doripenem ve Diğer Karbapenemlerin İn-Vitro Etkinliklerinin Karşılaştırılması
The Comparison of In-Vitro Activity of Doripenem and Other Carbapenems on Gram Negative Bacteria Isolated from Clinical Samples
doi: 10.5222/TMCD.2015.083 Sayfalar:83-87
Erkan Özmen, Halil Yazgı, Osman Aktaş, M. Hamidullah Uyanık, Hakan Aydın  

GİRİŞ ve AMAÇ: Ülkemizde son zamanlarda klinik kullanıma giren antibiyotiklerden biri olan doripenem ve yıllardır klinik kullanımda olan diğer karbapenemlerin in-vitro koşullarda gram negatif bakterilere karşı etkinliklerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilerek geleneksel yöntemlerle tiplendirilmesi yapılan 70 Escherichia coli, 36 Enterobacter spp, 71 Klebsiella pneumoniae ve 71 Pseudomonas aeruginosa suşunun doripenem, imipenem, meropenem ve ertapenem duyarlılıkları Bioanalyse© antibiyotik diskleri kullanılarak Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) kriterlerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle araştırıldı.

BULGULAR: Çalışmamızda 143 idrar, 48 yara, 33 kan, 21 kulak ve 3 trakeal aspirat kaynaklı toplam 248 klinik örnek incelenmiştir. Örneklerin 129’u (%52.0) yatan hastalardan 119’u (%48.0) poliklinik hastalarından gönderilmiş olup, bunların 142’si (%57.3) toplum kökenli 106’sı (%42.7) ise hastane kökenli suşlar olduğu tespit edilmiştir. İncelenen E. coli ve Enterobacter spp suşlarının tümü karbapenemlere duyarlı olup, K. pneumoniae için doripenem ve meropenem, P. aeruginosa için ise doripenem en az direnç görülen karbapenem grubu antibiyotikler olmuşlardır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bölgemizden izole edilen P.aeruginosa suşlarının karbapenem direnci E. coli, Enterobacter spp ve K. pneumoniae suşlarına göre daha yüksek bulunmuştur. Bakteri grubumuz bir bütün olarak incelendiğinde doripeneme karşı ortaya çıkan direnç oranları diğer karbapenemlere karşı oluşan direnç oranlarına yakın değerlerde oldukları görülmüştür.

Anahtar Kelimeler: Disk difüzyon, doripenem, karbapenemler

5. Üriner Sistem Enfeksiyonlarından İzole Edilen Escherichia coli Suşlarında Fosfomisin Trometamol Duyarlılığının Araştırılması
Investigation of Fosfomycin Trometamol Susceptibility in Escherichia coli Strains Isolated from Urinary Tract Infections
doi: 10.5222/TMCD.2015.088 Sayfalar:88-91
Arzu İrvem, Eyüp Veli Küçük, Emin Pala, Şenol Çomoğlu, Behiye Dede, Gül Karagöz, F. Muhterem Yücel

GİRİŞ ve AMAÇ: Escherichia coli, gerek toplum gerekse hastane kökenli üriner sistem enfeksiyonlarında en sık izole edilen mikroorganizmadır. Çalışmamızda, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gelen idrar kültürlerinden izole edilen E. coli bakterilerinde genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) pozitifliği ve fosfomisin Trometamol (FT) direnç oranlarının araştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: 2012-2013 yılları arasında hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında değerlendirilen idrar kültürlerinde üropatojen olduğu düşünülen bakterilerin identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri VİTEK 2 (BioMérieux, Fransa) otomotize sistem ile çalışılmıştır. İzole edilen 1085 E. coli suşunda FT direnci ve GSBL pozitifliği retrospektif olarak değerlendirilmiştir.

BULGULAR: Çalışılan 1085 E. coli suşundan 303’ü GSBL pozitif (%27.9), 782’si GSBL negatif olarak tespit edilmiştir. FT dirençli suş sayısı 15 (%1.38), duyarlı suş sayısı 1070’tir. GSBL pozitif ve negatif suşların fosfomisine duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p>0.05).

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda FT direnci diğer çalışmalarla uyumlu olarak düşük bulunmasının yanı sıra GSBL direnci ile ilişki görülmemiştir. Bu durum FT direnç az sayıda görülmesi, ilacın kimyasal yapısı, diğer antimikrobiyal ilaçlara göre farklı hedef bölgesine sahip olması ve çapraz direnç geliştirilememesi ile açıklanabilir.

Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, fosfomisin trometamol, üriner sistem

OLGU SUNUMU
6. Ender Bir Peritonit Etkeni, Aggregatibacter aphrophilus
A Rare Cause of Peritonitis, Aggregatibacter aphrophilus
doi: 10.5222/TMCD.2015.092 Sayfalar:92-95
Gülden Aydın, Özlem Doğan Ayçık, Gülçin Yiğit, Feray Şenel, Mehmet Ali Uzun, Rıza Adaleti, Sebahat Aksaray

Aggregatibacter aphrophilus (Haemophilus aphrophilus) nadiren insanda endokardit, endoftalmit, osteoartrite neden olmakta ve apselerden izole edilmektedir. İnsan orofarengeal florasının ve dental biyofilmlerin bir elemanıdır. Bu olguda, dental girişimi takiben perfore akut apandisit tanısıyla opere edilen hastada etken olarak A. aphrophilus üretilmiştir. Tanımlamada süt-anne fenomeni pozitifliği, X (hem) ve V (NAD) faktör bağımlılık testi, CO2 bağımlılığı, üreme süresi gibi konvansiyonel yöntemlere ek olarak ileri identifikasyon için MALDI-TOF MS yöntemi kullanılmıştır. Operasyonu takiben başlanan seftriakson ve metronidazol tedavisi ile tam kür sağlanmıştır. İnsanda Aggregatibacter türlerinin de etken olabileceği akılda tutulmalı ve Haemophilus türlerinin ayırımı yapılmalıdır.

Anahtar Kelimeler: Aggregatibacter aphrophilus, akut apandisit, peritonit

7. HIV Negatif, Güvercin Temaslı Bir Kriptokokkal Menenjit Olgusu
A Cryptococcal Meningitidis Case, HIV Negative, with Pigeon Contact
doi: 10.5222/TMCD.2015.096 Sayfalar:96-102
Feza Otağ, Gülden Ersöz, Nilgün Karabıçak, Elif Taşdemir, Onur Gültekin  

Kriptokokkoz dünya genelinde HIV/AIDS pandemisi artışıyla beraber önem kazanan bir enfeksiyondur ve en yaygın etkeni Cryptococcus neoformans’tır. Dünyanın her yerinde bulunan C. neoformans’ın epidemiyolojisinde güvercin ile temas öyküsü önemli bir yer tutmaktadır. Merkezi sinir sistemi tutulumunda en önemli risk faktörü immün sistemi baskılayıcı durumların varlığıdır. Bu raporda, kronik hepatit B’ye bağlı sirozu olan; baş ağrısı, baş dönmesi, karın ağrısı, bulantı, çift görme yakınmaları ile başvuran HIV negatif, yüzünde papüler lezyonlar olan 75 yaşındaki kadın hasta sunulmuştur. Bilateral papilödem saptanan hastanın yatışında alınan BOS örneğinin Gram ve negatif boyamalarında tomurcuklanmış, kapsüllü maya hücreleri görülmüştür. Kültürün üçüncü gününde Sabouraud dekstroz agarda krem renkte, kuş yemi (niger tohumu, Guizotia abyssinica) agarda kahverengi renkte mukoid maya kolonileri üremiştir. Yatışından 72 saat sonra pozitifleşen kan kültürü şişesinden hazırlanan Gram preparatta tomurcuklanmış kapsüllü maya hücreleri görülmüş ve pasajlarda benzer koloniler üremiştir. Her iki suş konvansiyonel yöntemlerle ve Vitek 2 (bioMérieux, Fransa) sistemi ile C. neoformans olarak adlandırılan köken DNA dizi analizi ile C. neoformans var. grubii olarak tanımlanmıştır. “Clinical and Laboratory Standards Institute” M27-A3 dokümanına göre çalışılan sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile minimum inhibitör konsantrasyon değerleri, amfoterisin B (0.5 μg/ml), flukonazol (0.125 μg/ml), itrakonazol (0.5 μg/ml), posakonazol (0.25 μg/ml), vorikonazol (<0.015 μg/ml), anidilofungin (16 μg/ml) ve kaspofungin (16 μg/ml) olarak saptanmıştır. Amfoterisin B ve flusitozin tedavisiyle beraber yüzündeki papüler lezyonlarda gerileme gözlenen hastanın kreatinin değerlerindeki artış nedeniyle diyaliz uygulanmaya başlanmış ancak ortaya çıkan komplikasyonlar nedeni ile hasta kaybedilmiştir. Olgumuzun evinin balkonunda güvercin beslemesi en önemli risk faktörü olarak belirlenmiştir. Güvercin dışkılı ortamın uzun süreli inhalasyonuyla sistemik yayılımın gerçekleşmiş olabileceğini düşündürmüştür.

Anahtar Kelimeler: Cryptococcus neoformans var. grubii, kriptokokkal menenjit, güvercin besiciliği

8. Manisa İli 3 Yerli Kutanöz Leishmaniasis Olgusu
Three Autochthonous Cutaneous Leishmaniasis Cases in Manisa
doi: 10.5222/TMCD.2015.103 Sayfalar:103-108
Ahmet Özbilgin, Ahmet Yıldırım, İbrahim Çavuş, Serkan Baştemir

Tropikal ve subtropikal bölgelerde görülen Leishmaniasis, vektörü olan kum sinekleri (Phlebotomus, yakarca) aracılığıyla bulaştırılan zoonotik/antroponotik karakterli bir infeksiyon hastalıkları grubudur. Leishmaniasis kendiliğinden iyileşebilen deri infeksiyonları şeklinde görüldüğü gibi, iç organları tutan ve zaman zaman epidemilere neden olan sistemik infeksiyonlar şeklinde de görülebilmektedir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ)’nün verilerine göre, bugün tüm dünyada toplam 98 ülkede yaklaşık 12 milyon insan Leishmaniasise yakalanmış durumda, 350 milyon kişi ise risk altındadır. Her yıl bu rakamlara 2 milyon yeni olgunun katıldığı, bu olguların yaklaşık 1,5 milyonunun zoonotik/antroponotik kutanöz Leishmaniasis (KL), 500 bininin ise visseral Leishmaniasis (VL) olduğu tahmin edilmektedir.

Türkiye’de VL’ye Leishmania infantum, KL’ye ise Leishmania tropica, L. infantum, L. major ve L. donovani neden olmaktadır. Son yıllarda ülkelerindeki siyasal karışıklık ve savaş nedeniyle ülkemize sığınan Suriyeli mülteciler nedeniyle Leishmaniasis olgularında artış görülmesinden endişe edilmektedir. Savaş öncesi son verilere göre her yıl, bazıları tedaviye dirençli yaklaşık 250 bin KL hastasının saptandığı Suriye’den ülkemize son 3 yılda yaklaşık 2,5 milyon kişinin sığındığı, bunların bir kısmının mülteci kampları dışında ikamet ettiği bildirilmiştir. Ülkemizde 2013-2014 arasında yaklaşık 4.000 civarında yerli KL olgusu bildirilmiştir. Başta Akdeniz ve Ege Bölgesi illerimizde olmak üzere birçok ilimizde de son yıllarda Leishmaniasis olgularında ve odaklarında önemli oranda artma görülmüştür.

Ülkemizin bir çok bölgesinde görülmeye başlayan KL tanısı konulmuş Manisa ilimizden 3 olgu burada paylaşılmış ve zaman zaman laboratuvar tanısında sorun yaşanan bu enfeksiyona dikkat çekilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Türkiye, Kutanöz Leishmaniasis, Leishmania tropica, Manisa

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın