Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-4 2015

    
DERLEME

1. Akım Sitometride Veri Analizi
Data Analysis in Flow Cytometry
doi: 10.5222/TMCD.2015.155 Sayfalar:155-159
Esvet Mutlu, Meral Gültekin

Çeşitli hücre popülasyonlarının özelliklerinin hızlı bir şekilde analizine olanak sağlayan akım sitometri sistemlerinde, verilerin doğru değerlendirilmesi büyük oranda kullanıcı deneyimi gerektirir. Bu derlemede, akım sitometride veri analizinin ilk ve temel basamağı olan kapı alma, kapılanan hücrelere ait verilerin görüntülenmesinde kullanılan grafikler ve istatistiksel ölçümler tanımlanmış ve veri analizinde göz önünde bulundurulması gereken özellikler vurgulanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Akım sitometri, kapı alma, veri analizi

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. İnfluenza A (H1N1) pdm09 Tanısında Hızlı Antijen Testi ile RT-PCR Testinin Karşılaştırılması
Comparison of Rapid Antigen Test with RT-PCR in the Diagnosis of Influenza A (H1N1) pdm09 Infection
doi: 10.5222/TMCD.2015.160 Sayfalar:160-164
Begüm Nalça Erdin, Ö. Alpay Özbek, Murat Duman, A. Arzu Sayıner

GİRİŞ ve AMAÇ: İnfluenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonunun virolojik tanısı için revers transkriptaz-polimeraz zincir tepkimesi (RT-PCR) yöntemi referans test olarak kabul edilmektedir. Ancak yüksek maliyet, özel altyapı ve deneyimli personel gereksinimi nedeniyle yalnızca belirli laboratuvarlarda kullanılabilmektedir. Bu nedenle influenza virus enfeksiyonlarının tanısında hızlı antijen testleri sıklıkla kullanılmaktadır. Hızlı antijen testlerinin mevsimsel influenza tanısındaki duyarlılık ve özgüllüklerinin değişken olduğu bilinmektedir. 2009 yılında influenza A (H1N1) pdm09 virusunun ortaya çıkması ile birlikte, bu testlerin performanslarının yine değerlendirilmesine gereksinim duyulmuştur. Bu çalışmanın amacı, influenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonu tanısında hızlı antijen testlerini, gerçek zamanlı
RT-PCR ile karşılaştırarak, testin duyarlılık, özgüllük ve prediktif değerlerini belirlemektir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada, Kasım 2009 - Ocak 2010 aylarında, çocuklardan alınan 68 nazofarengeal aspirat, hızlı antijen tanı testi ile influenza A açısından ve gerçek zamanlı RT-PCR ile hem influenza A/B hem de influenza A (H1N1) pdm09 virüsü yönünden incelendi. Sonuçlar, antijen testinin performans özeliklerini belirlemek amacıyla karşılaştırıldı.

BULGULAR: Hızlı antijen testi 26/68 (%38.2) örnekte pozitif iken, 40 örnek influenza A/B RT-PCR testinde influenza A pozitif, 41 örnek ise influenza A (H1N1) pdm09 pozitif bulundu. Hızlı antijen tanı testinin, influenza A/B RT-PCR testine göre duyarlılığı %62.5, özgüllüğü %96.2, influenza A (H1N1) pdm09 RT-PCR testine göre duyarlılığı %63.4, özgüllüğü %100 olarak hesaplandı. Antijen testinin, influenza A (H1N1) pdm09 RT-PCR testine göre pozitif prediktif değeri (PPD) %100, negatif prediktif değeri (NPD) %64.2 idi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma hızlı antijen testinin, salgın durumunda pediyatrik hasta grubunda influenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonunun tanısında yardımcı olabileceğini göstermiştir. Ancak, duyarlılığın düşük olması nedeniyle negatif örneklerin RT-PCR ile doğrulanması gereklidir.

Anahtar Kelimeler: İnfluenza A (H1N1) pdm09, hızlı antijen tanı testi, PCR

3. Bir Üniversite Hastanesinin Bir Yıllık Toxoplasma gondii IgG Avidite Sonuçlarının Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi
Retrospective Evaluation of One-Year Results of the Toxoplasma gondii IgG Avidity in a University Hospital
doi: 10.5222/TMCD.2015.165 Sayfalar:165-169
Nurbanu Kurnaz, Efdal Oktay, Seda Tezcan Ülger, Candan Öztürk

GİRİŞ ve AMAÇ: Toksoplazmoz zorunlu hücre içi paraziti olan Toxoplasma gondii tarafından oluşturulan bir enfeksiyondur. Genellikle asemptomatik seyretmekle birlikte, immün sistemi baskılanmış kişilerde ve gebelerde yaşamı tehdit eden enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Çalışmada, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı’na toksoplazmoz şüpheli hastalardan gönderilen kan örneklerinde anti-T. gondii IgG, IgM ve IgG avidite test sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma kapsamında, Ekim 2014-Ekim 2015 tarihleri arasında toksoplazmoz şüphesi ile Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen kan örneklerinde anti-T. gondii IgG, IgM ve IgG avidite testleri “Enzyme Linked Fluoresan Assay” (ELFA) yöntemiyle çalışıldı.

BULGULAR: Anti-T. gondii IgG antikor varlığı test istemi olan hastaların %39.3 (247/628)’ünde, IgM antikor varlığı test istemi olan hastaların %6 (64/1050)’sında pozitif bulundu. Anti-T. gondii IgG avidite testi 159 hastadan istenmiş, bu hastaların 133 (%83.6)’ü yüksek avidite, 15
(%9.4)’i düşük avidite ve 11 (%6.9)’i sınırda avidite indeksi olarak değerlendirilmiştir.

TARTIŞMA ve SONUÇ: İmmün sistemi baskılanmış kişilerde antikor testlerinin güvenilirliği değişmekle birlikte, IgG avidite testinin tanı koymada yararlı olabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Toksoplazmozis, Toxoplasma gondii, IgG avidite testi

4. Yoğun Bakım Ünitelerinden İzole Edilen Nonfermentatif Gram Negatif Bakterilerin Antimikrobiyal Duyarlılıklarının Araştırılması
Investigation of Antimicrobial Susceptibility of Nonfermentative Gram Negative Bacteria Isolated from Intensive Care Units
doi: 10.5222/TMCD.2015.170 Sayfalar:170-174
Yeliz Tanrıverdi Çaycı, İlknur Bıyık, Asuman Birinci

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, yoğun bakım hastalarından izole edilen nonfermentatif Gram negatif bakterileri ve bunların antibiyotiklere direnç durumunu belirlemektir. Ayrıca bu çalışmanın amacı, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Yoğun Bakım Üniteleri’nde Ocak 2014 ve Aralık 2015 tarihleri arasında yatmış hastalardan gönderilen klinik örnekten üretilen 474 nonfermentatif Gram negatif bakteriyi ve direnç profilleri retrospektif olarak değerlendirilmesidir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bakterilerin tanımlaması Vitek MS cihazında, antibiyotik duyarlılıkları ise Vitek 2 Compakt cihazında çalışılmıştır.

BULGULAR: Yoğun Bakım Üniteleri’nden gönderilen örneklerden en sık Acinetobacter cinsi (%69.83) sonrasında Pseudomonas aeruginosa (%25.52) ve Stenotrophomonas maltophilia (%4.64) izole edilmiştir. Bakterilerin en sık izole edildiği örnek türü trakeal aspirat (%40.71) olarak belirlenmiştir. Acinetobacter spp. ve P. aeruginosa izolatlarının en duyarlı olduğu antibiyotiğin kolistin olduğu saptanmıştır. S. maltophilia izolatlarında trimethoprim/ sulfamethoxazol (SXT) duyarlılığı %95.4 olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Etkili enfeksiyon kontrol önlemleri ve aktif sürveyansın yoğun bakım ünitelerindeki enfeksiyonların önlenmesinde önemlidir.

Anahtar Kelimeler: Nonfermentatif bakteriler, nozokomiyal enfeksiyon, yoğun bakım

5. Bir Eğitim Araştırma Hastanesinde Beş Yıl İçinde Kan Kültürlerinden İzole Edilen Klebsiella Suşlarının Antimikrobiyal Duyarlılıkları
Antimicrobial Susceptibility of Klebsiella Strains Isolated From Blood Cultures within a Five Year-Period in A Training and Research Hospital
doi: 10.5222/TMCD.2015.175 Sayfalar:175-180
Asuman Güzelant, Meral Kaya, Hülya İren Güvenç, Oya Akkaya, Şerife Yüksekkaya, Ayşegül Opuş, Habibe Övet, Muhammet Güzel Kurtoğlu

GİRİŞ ve AMAÇ: Kan kültürlerinden bakterilerin izole edilmesi genellikle acil antimikrobiyal tedavi gerektiren ciddi invaziv enfeksiyonların bir göstergesidir. Bakteriyemi ve sepsis yüksek mortalite ve morbidite oranlarına sahiptir. Genelde neonatal sepsisin predominant nedeni özellikle gram negatif bakteriler olup, bunların içinde de Klebsiella pneumoniae gelişmekte olan ülkelerde en sık patojendir. Hastalardan izole edilen mikroorganizmalar farklı antimikrobiyal duyarlılıklara sahiptir. Bu yüzden başarılı tedavi uygun antibiyotik kullanımına bağlıdır. Çoğu suş geniş spekturumlu antimikrobiyallere oldukça dirençli olduğu için, hastanede kazanılmış K. pneumoniae suşlarını tedavi etmek zor olabilir. Bu çalışmanın amacı, kan kültürlerinden izole edilen Klebsiella suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanması ve hastanemiz kaynaklı Klebsiella enfeksiyonlarında seçilecek en uygun ampirik antimikrobiyal tedavinin belirlenmesidir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamız Konya Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nin farklı kliniklerinden toplanmış klinik izolatlar üzerinde Ocak 2009 ila Aralık 2013 arasında yapılmıştır. Bakteriyal identifikasyon ve antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanmasında konvansiyonel yöntemlerin yanısıra Phoenix (Becton Dickinson, Sparks, ABD) cihazı ve panelleri kullanılmıştır.

BULGULAR: Kan kültürlerinden izole edilen 179 Klebsiella suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. En sık izole edilen suş K. pneumoniae ssp pneumoniae suşu (158; %88.2) olarak saptanmıştır. Geniş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten Klebsiella suşlarının oranı %54.18 olarak tespit edilmiştir. En duyarlı antimikrobiyal ajan ertapenem (%98.53) olarak bulunmuştur. Meropenem (%97.17), imipenem (%94.70) ve amikacin (%93.74) sırasıyla ikinci, üçüncü, dördüncü duyarlı antimikrobiyal ajan olarak saptanmışlardır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: ESBL üreten suşların oranı oldukça yüksek olduğundan hastane kaynaklı Klebsiella enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde beta laktam antibiyotikler tercih edilmemelidir. Sonuç olarak, her hastanenin kendi antimikrobiyal duyarlılık paternini belirlemesi, en uygun ampirik antimikrobiyal tedavi seçimi için yaşamsaldır.

Anahtar Kelimeler: Klebsiella spp., antimikrobiyal ajan, duyarlılık

6. GSBL Pozitif Üropatojen Escherichia coli İzolatlarının Plazma Polimerizasyon Tekniği ve Nanomalzemeler ile Modifiye Edilmiş (Mikroplak) Yüzeylerde Biyofilm Oluşumunun İncelenmesi: Deneysel Model
Investigation of Biofilm Formation of ESBL Positive Uropathogenic Escherichia coli Isolates on (Microplate) Surfaces Modified with Plasma Polymerization Technique and Nanomaterials: An Experimental Model
doi: 10.5222/TMCD.2015.181 Sayfalar:181-187
Elvan Hortaç, Gizem Kaleli, Dilek Çökeliler, Şükran Yavuzdemir, Mehmet Mutlu, Müge Demirbilek Ekici, Jülide Sedef Göçmen

GİRİŞ ve AMAÇ: Kateter ilişkili üriner sistem enfeksiyonlarına neden olan önemli etkenlerden biri GSBL pozitif üropatojen Escherichia coli’dir. Biyoteknoloji ile üretilen biyouyumlu malzemenin katatere kaplanarak kolonizasyonun engellenmesi enfeksiyonun önlenmesinde önemli bir aşamadır. Sunulan araştırmada, GSBL pozitif üropatojen E. coli izolatlarının farklı biyouyumlu nanomalzemelerle kaplanmış mikroplaklardaki biyofilm oluşumuna etkisinin incelemesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Ankara TOBB ETÜ Hastanesi dâhili ve cerrahi polikliniklere başvuran ayaktan hastaların idrar kültüründen izole toplam 45 GSBL pozitif E. coli izolatının plazma polimerizasyon yöntemiyle iki farklı monomerle [2–hidroksietilmetakrilat (HEMA)] ve Etilen glikol
dimetakrilat (EGDM)] kaplanmış mikroplaklarda biyofilm oluşumu araştırılmıştır.

BULGULAR: Araştırmada kullanılan 45 GSBL pozitif E. coli suşunun 8 tanesi standart yöntemler ile boş plaklarda hafif düzeyde biyofilm oluştururken, EGDM ile kaplanmış mikroplakta 11, HEMA ile kaplanmış mikroplakta ise yalnızca 1 suş biyofilm tabaka oluşturmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Monomer yapılarla kaplanmış üriner kateterlerin kullanılmasının üriner sistemde kateter ilişkili enfeksiyonlarını ve buna bağlı morbidite ve mortalite oranlarını azaltabileceğini gösteren in vitro sonuçlar elde edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Biyofilm, nanomalzeme, üropatojen E. Coli

OLGU SUNUMU
7. İntrakraniyal Tümörle Karışan Fusobacterium nucleatum’a Bağlı Bir Beyin Apsesi Olgusu
A Case of Brain Abscess Due to Fusobacterium nucleatum Confused with Intracranial Tumor
doi: 10.5222/TMCD.2015.188 Sayfalar:188-192
Murat Aydın, Firdevs Aksoy, Gürkan Gazioğlu, Selçuk Kaya, Ahmet Sarı, Gülçin Bayramoğlu, İftihar Köksal

Bakteriyel beyin apsesi (BBA) aerop ve anaerop mikroorganizmaların neden olabildiği fokal beyin parankim infeksiyonudur. Bu mikroorganizmalar ekzojen veya endojen kaynaklı olabilir. Bu patojenlerden biri Fusobacterium nucleatum’dur. Oral hijyeni kötü olan hastalarda sıklıkla periodontite sekonder BBA’ne neden olabilmektedir. BBA’nin tanısı kraniyal görüntüleme yöntemleri ile konulmaktadır. Klinik ve radyolojik bulguları nekrotik beyin tümörlerini taklit edebilmektedir. Görüntüleme yöntemleri ile beyin apselerinin nekrotik tümörlerden ayırıcı tanısını yapmak genellikle zordur. Makalemizde F. nucleatum’un etken olduğu bir beyin apsesi olgusu sunulmuştur. Beyin apse ve tümörlerinin klinik ve/veya radyolojik olarak benzerlik gösterebildiği, bu nedenle ayırıcı tanının dikkatli yapılması ve hasta örneklerinden mutlaka mikrobiyolojik değerlendirmenin de yapılması gerektiği vurgulanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Beyin apsesi, Fusobacterium nucleatum, tümör

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın