Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-1 2016

    
DERLEME

1. In Vivo Enfeksiyon Modellerinin Yükselen Yıldızı: Galleria mellonella Larvası
The Rising Star of In-Vivo Infection Models: Galleria mellonella Larvae
doi: 10.5222/TMCD.2016.001  Sayfalar:1-7
Meral Karaman

Enfeksiyon hastalıklarının patogenezinin araştırılmasında memeli modelleri sıklıkla kullanılmaktadır. Memelilerin kullanımına ilişkin etik kaygılar, donanımsal ve maddi sıkıntılar alternatif konakçı olarak omurgasız hayvanları gündeme getirmektedir. Meyve sineği Drosophila melanogaster, nematod Caenorhabditis elegans gibi omurgasız hayvan modelleri alternatif olarak kullanılmaktadır. Son yıllarda ise, konakçı modeli olarak Galleria mellonella larvası dikkati çekmektedir. Büyük balmumu güvesi (The Greater Wax Moth) olarak da bilinen G. mellonella larvası, enfeksiyon patogenezi çalışmalarında diğer omurgasız hayvanlara göre çeşitli üstünlüklere sahiptir. Büyük boyutları (2-4 cm) nedeniyle uygulama kolaylığı sağlayan larvalar, 15-37°C’de yaşayabilme yeteneği ile tıbbi açıdan önemli birçok mikroorganizmanın virülans faktörlerinin test edilmesinde kullanılmaktadır. Yapılan karşılaştırmalı çalışmalar, G. mellonella larvasının mikrobiyal virülans faktörlerinin karakterizasyonu ve identifikasyonunda, antimikrobiyal peptidlerin etkinliğinin test edilmesinde güvenle kullanılabileceğini göstermektedir. Bu derleme makalede, son on yılda özellikle enfeksiyon patogenezi çalışmalarında yıldızı parlayan G. mellonella larvasının öne çıkan özelliklerinden söz edilmektedir.

Anahtar Kelimeler: Enfeksiyon modeli, Galleria mellonella larvası, in vivo

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Demir Stresine Direnç Kazandırılmış Saccharomyces cerevisiae Mayasının Demir Taşınımı ile İlişkili Genlerinin Anlatım Düzeylerinin Gerçek Zamanlı, Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (q rt-PCR) ile Belirlenmesi
Determination of Iron-Transport-Related Gene Expression Levels in Acquired Iron Stress-Resistant Saccharomyces cerevisiae Yeast Using Real-Time, Quantitative Polymerase Chain Reaction (q rt-PCR)
doi: 10.5222/TMCD.2016.008 Sayfalar:8-17
Berrak Gülçin Balaban, Ülkü Yılmaz, Ceren Alkım, Zeynep Petek Çakar

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmanın amacı, model organizma olarak demire dirençli Saccharomyces cerevisiae mayası kullanılarak, demir iyonlarının taşınımından sorumlu genlerin demir direnç mekanizmasındaki rolünün deneysel olarak araştırılmasıdır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Önceki çalışmalarımızda, demir direnci kazandırılmış olan S. cerevisiae M8FE suşu, bu çalışmada S. cerevisiae CEN.PK113-7D referans suşu ile birlikte kullanılmıştır. Referans suş ile karşılaştırmalı olarak, M8FE’nin demir taşınımıyla ilişkili olduğu bilinen AFT1, FET3, FET4, COT1, CCC1 ve ZRC1 genlerinin anlatım düzeyleri; kontrol, düşük (1 mM) ve yüksek (15 mM) demir stresi altında, gerçek zamanlı, kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (q rt-PCR) yöntemiyle belirlenmiştir.

BULGULAR: İncelenen genler arasında, anlatım düzeyleri en çok farklılaşan gen FET3’tür. Demire dirençli M8FE suşunda, 1mM demir stresi varlığında bu genin anlatım düzeyi, kontrol koşulundaki referans suşununkinin yaklaşık 16 katına, yüksek demir stresi (15 mM) varlığındaysa yaklaşık üç katına çıkmıştır. CCC1 ve COT1 genlerinin anlatımında da genel olarak anlamlı bir artış gözlenmiştir. AFT1 geninin anlatım düzeyleri, yüksek demir stresi varlığında azalırken, FET4 genininki ise düşük demir stresi varlığında artmıştır. ZRC1 geni ise, yalnızca yüksek (15 mM) demir stresi altındaki M8FE’de, kontrol koşullarındaki referans suşunun anlatım düzeyinin yaklaşık üç katına çıkmıştır. Yüksek demir stresi, M8FE’de ZRC1 gibi CCC1 ve COT1 genlerinin anlatımında da ciddi bir artışa neden olmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Gen anlatım düzeylerinin analizine dair bulgular, FET3 ve AFT1 genlerinin demir direnci ve ortamdaki demir iyonları düzeyiyle ilişkili olduğunu göstermektedir. Gen anlatım düzeyi verileri, vakuole demir taşınımından sorumlu CCC1 geninin ve çinko ile kobaltın vakuole taşınımından sorumlu ZRC1 ve COT1 genlerinin de yüksek demir stresi varlığında vakuole demir taşınımı ve demir direnci ile ilişkili olabileceğine işaret etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Demir direnci, q rt-PCR, Saccharomyces cerevisiae

3. Nöraminidazın Koagülaz Negatif Stafilokok Suşlarında Biyofilm Oluşumu, Bakteri Adheransı ve Antibiyotik Direncine Etkisinin Araştırılması: İn Vitro Çalışma
The Investigation of the Effect of Neuraminidase on Biofilm Formation, Bacterial Adherence and Antibiotic Resistance of Coagulase-Negative Staphylococcus Strains: An In-Vitro Study
doi: 10.5222/TMCD.2016.018 Sayfalar:18-26
Şerife Barçın Öztürk, Serhan Sakarya

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmamızda nöraminidaz kullanılarak siyalik asitin uzaklaştırılmasının koagülaz negatif stafilokoklarda biyofilm oluşumu, bakteri adheransı ve antibiyotik direncine etkisi araştırılmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 63 adet koagülaz negatif stafilokok izolatı kullanıldı. Bakterilerin slime üretimi, Christensen yöntemi (kalitatif tüp yöntemi) ve kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi ile saptandı. Nöraminidazın, slime oluşumuna ve antibiyotik direncine etkisinin görülmesi amacı ile bakteriler, tek başına nöraminidaz ve artan dilüsyonlarda antibiyotik-nöraminidaz karışımı ile birlikte 96 kuyucuklu U tabanlı polistiren plaklara ekildi. Slime oluşumunun izlenmesi için plaklar kristal viyole ile boyanarak 570 nm’de, antibiyotik direnci için 625 nm’de spektrofotometrik olarak değerlendirildi.

BULGULAR: Koagülaz negatif stafilokok izolatlarında, slime pozitif bakterilerin slime negatif bakterilerden daha fazla adhere olarak çoğaldığının saptanmasına karşın, nöraminidazın slime faktör oluşturan ve oluşturmayan suşların, adherans ve çoğalmasına hiçbir etkisinin olmadığı saptanmıştır. Nöraminidazın slime faktör oluşumuna etkisi incelendiğinde, slime pozitif suşlarda nöraminidazın slime oluşumunu anlamlı olarak azalttığı izlenmiştir. Aynı şekilde nöraminidazın artan doz siprofloksasin ile birlikte uygulandığında, tek başına siprofloksasine göre slime oluşumunu daha fazla azalttığı saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızın, antibiyotiklerin biyofilme etkinliğini arttırmada nöraminidazın rolüne dikkat çekmesi bakımından önemli olduğu düşüncesindeyiz.

Anahtar Kelimeler: Biyofilm, koagülaz negatif stafilokok, nöraminidaz

4. Kronik Hepatit C Enfeksiyonlu Hastalarda Hepatit C Virüs Genotiplerinin Dağılımı
The Distribution of Hepatitis C Virus Genotypes in Patients With Chronic Hepatitis C Infection
doi: 10.5222/TMCD.2016.027 Sayfalar:27-32
Zeynep Çizmeci

GİRİŞ ve AMAÇ: Hepatit C virüsünün (HCV) genotiplendirilmesi tedavi protokollerin seçimi ve klinik sürecin takibinde çok büyük önem taşımaktadır. HCV’nin major genotipleri arasında, kötü prognoz ve uzun süreli tedavi ile ilişkili olan genotip 1b, Türkiye’de en sık görülen genotiptir. Bu çalışmada, HCV RNA testi pozitif saptanan 108 hastanın genotip dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Anti-HCV testi mikropartikül EIA (MEIA, Abbott Laboratories, Abbott Park, IL, ABD), kantitatif HCV RNA testi gerçek zamanlı revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR, Abbott Molecular, Inc., Des Plaines, IL, ABD) yöntemi ile çalışıldı. HCV genotiplendirme ise; HCV ABİ PRİSM 310 Genetik Analizör (Applied Biosystems, ABD) kullanılarak baz dizi analizi yöntemi ile yapıldı.

BULGULAR: Hastaların alanin aminotransferaz (ALT) seviyeleri 10-301 IU/L (ortalama: 64.04±41.9 IU/L) ve HCV RNA seviyeleri ise 1.100–12.473.751 IU/ml (ortalama: 1.665.034±2.463.931) olarak bulundu. Yapılan genotiplendirme sonuçlarına göre, 85 (%79) hastada genotip 1b, sekiz (%7) hastada genotip 1a, yedi (%6.5) hastada genotip 2, bir (%1) hastada genotip 4, bir (%1) hastada genotip 6 ve altı (%5.5) hastada mikst HCV genotipi saptanmıştır. Mikst HCV genotipi saptanan altı hasta değerlendirildiğinde, iki hastada genotip 1a ve 1b, bir hastada genotip 1a ve 4, bir hastada genotip 1a ve 6, bir hastada genotip 1b ve 3, bir hastada ise genotip 1b ve 6 saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda, genotip 1b’nin hastalarımızda en yaygın genotip olduğu saptanmıştır. Hastanemize ait bu ilk verilerden alınan sonuçlar, kronik hepatit C virüs ile enfekte olan kişilere tedavi başlanırken ve klinik sürecin takibinde, mikst HCV genotipleri ile de karşılaşılabileceğinin göz önünde bulundurulmasının hasta takibinde yararlı olacağını düşündürmektedir.

Anahtar Kelimeler: Epidemiyoloji, HCV RNA, Hepatit C virüsü, genotip

5. Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz Üreten Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae’nin Neden Olduğu Ürosepsis Olgularında Ardışık Oral Antibiyotik Tedavisi Bir Seçenek Olabilir mi?
Can Sequential Use of Oral Antibiotics be an Alternative in Patients with Urosepsis Caused by ESBL-Producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae?
doi: 10.5222/TMCD.2016.033 Sayfalar:33-39
Aziz Ahmad Hamidi, Derya Özyiğitoğlu, İbrahim Tuncer, Elif Aktaş, Dilek Yıldız Sevgi, Hüseyin Acinikli, Mehmet Emin Bulut, İlyas Dökmetaş

GİRİŞ ve AMAÇ: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarının etken olduğu ürosepsis olgularında, karbapenem dışı antibiyotiklerin ardışık oral tedavi olarak kullanımının retrospektif olarak incelenmesi amaçlandı.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya dâhil edilen hastalar iki grupta değerlendirildi. Grup 1’de 14-21 (ortanca: 14) gün süreyle karbapenem tedavisi alan 14 olgu incelendi. Grup 2’de ise 3-11 (ortanca: 6) gün karbapenem tedavisi aldıktan sonra oral ardışık tedavi olarak siprofloksasin veya trimetoprim-sulfametoksazol kullanan 12 olgu değerlendirildi. Her iki grup arasında, olguların klinik özellikleri ve tedavi sonuçları karşılaştırıldı.

BULGULAR: İki gruptaki olgular klinik ve demografik bulgular açısından benzerdi. Etken mikroorganizma, olguların dokuzunda E. coli iken, 17 olguda K. pneumoniae idi. Yirmi dört olguda iyileşme sağlandı. Her iki gruptan birer olguda relaps gelişti.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışma sonucunda, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten E. coli ve K. pneumoniae izoatlarının etken olduğu ürosepsis olgularının tedavisinde karbapenem tedavisi sonrası oral ardışık tedavinin etkin olabileceği ve konuyla ilgili daha geniş, prospektif ve randomize çalışmaların yararlı olacağı düşünüldü.

Anahtar Kelimeler: GSBL üreten enterobacteriaceae, karbapenem tedavisi, Ürosepsis

6. Staphylococcus aureus İzolatlarında Metisilin Direncinin Disk Difüzyon, Kromojenik Besiyeri, Gradient Difüzyon Testi ve Oksasilin Agar Tarama Yöntemleriyle Araştırılması
Investigation of Methicillin Resistance in Staphylococcus aureus Isolates by Using Disc Diffusion, Chromogenic Media, Gradient Diffusion Test, Oxacillin Agar Screening Methods
doi: 10.5222/TMCD.2016.040 Sayfalar:40-46
Elvan Hortaç, Ebru Evren, Fikret Altunay, Utku Kuyucu, Okan Ergen 

GİRİŞ ve AMAÇ: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonların önde gelen bir patojeni olarak tüm dünyada önemli bir sağlık sorunudur. Metisilin direncini kodlayan mecA gen varlığı altın standart yöntem olarak kabul edilen Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile gösterilebilmesine rağmen, rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında olanakların kısıtlı olması PZR kullanımını sınırlandırmaktadır. Bu nedenle güvenilir MRSA tanısı koyabilmek için kullanılan fenotipik yöntemler hâlen tanıda önemli bir yer tutmaktadır. Başkent Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gelen çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş S. aureus izolatlarında metisilin direncini belirlemede kullanılan fenotipik yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya 118 S. aureus izolatı dâhil edilmiştir. Sefoksitin disk difüzyon testi (SDD) ile bu izolatların 50’si metisiline dirençli, 68’i duyarlı olarak bulunmuştur. SDD testi referans yöntem olarak kabul edilerek metisilin direncini belirlemek için kromojenik besiyeri, gradient difüzyon testi ve oksasilin tarama besiyeri kullanılmıştır.

BULGULAR: Oksasilin tarama besiyeri, kromojenik besiyeri ve gradient difüzyon testinin duyarlılıkları sırasıyla; %100, %96 ve %92; özgüllükleri ise %91, %7 ve %100 olarak bulunmuştur. Bu sonuçlara göre, kromojenik besiyerinin metisilin direncini belirlemesi istatistiksel açıdan anlamlı bulunmamıştır (p=0.697). Diğer fenotipik yöntemlerin metisilin direncini tespiti istatistiksel açıdan anlamlı bulunmuştur (p<0.001). Yüksekten düşüğe test maliyetleri sıralaması ise gradient difüzyon testi, kromojenik besiyeri, oksasilin tarama besiyeri ve disk difüzyon testi şeklindedir.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada kullanılan fenotipik yöntemlerin tümü rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında metisilin direncinin tespiti için kullanılabilir niteliktedir, ancak kromojenik besiyeri ile yanlış pozitif sonuçlar elde edilebildiğinden özellikle MRSA yönünden pozitif çıkan sonuçlarda tek başına kullanılmaması, başka bir fenotipik yöntemle sonucun doğrulanması gerektiği düşüncesine varılmıştır.

Anahtar Kelimeler: Gradient difüzyon test, kromojenik besiyeri, oksasilin tarama besiyeri, sefoksitin disk difüzyon

OLGU SUNUMU
7. Demodex folliculorum ile İlişkili Blefarit Olgusu
A Case of Demodex folliculorum Associated with Blepharitis
doi: 10.5222/TMCD.2016.047 Sayfalar:47-50
Orçun Zorbozan, Ecem Bulut Okut, Ayşegül Ünver, Nevin Tugay

Demodex sp. insan cildinde yaygın olarak görülen bir ektoparazittir. Çeşitli çalışmalarda blefarit olguları ile ilişkili olduğundan bahsedilmektedir. Altmış iki yaşında, 11 aydır sol göz kapağında şişlik ve kızarıklık olan ve anti-histaminik tedavisine yanıt vermeyen hasta laboratuvarımıza yönlendirildi. Hastanın göz çevresine uygulanan standart yüzeyel deri biyopsisi preparatında ve sol göz kapağından epilasyon ile elde edilen kirpikte Demodex folliculorum tespit edilerek topikal yöntemle (%1 metronidazol + %2 üre 1 ay) tedavi edildi. Blefarit tanısı alan olguda Demodex folliculorum saptanması, normal cilt faunasında da bulunabilen bu ektoparazitin patojen olarak karşımıza çıkabileceğini göstermiştir. Tedaviye yanıt alınamayan blefarit olgularında Demodex sp. infestasyonunun da akla getirilmesi gereklidir. Doğru tanının konması ve uygun tedavinin uygulanabilmesi için tanı algoritmasına Demodex türlerinin aranmasına yönelik yöntemler eklenmelidir.

Anahtar Kelimeler: Blefarit, Demodex sp, tanı

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın