Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-2 2016

    
DERLEME

1. Antisens Oligonükleotitler ve Antibakteriyel Kullanımları
Antisense Oligonucleotids and Antibacterial Use
doi: 10.5222/TMCD.2016.051 Sayfalar:51-57
Yamaç Tekintaş, Devrim Demir Dora, Mine Hoşgör Limoncu 

Antisens tedavi stratejisi, çeşitli genlerin protein oluşturmadan susturulması amacıyla oligodeoksiribonükleotidlerin kullanılmasıdır. Antisens mekanizma, hedef mRNA’ya oligonükleotid dizisinin Watsons-Crick baz eşleşme yoluyla bağlanması sonucu gerçekleşmektedir. Bağlanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein oluşumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotidin bağlandığı bölgede RNaz H aracılı degredasyon oluşturmasıdır. RNaz enzimi ile parçalanan gen dizisinden translasyon olası olmadığı için protein oluşumu engellenir. İkincisi ise oligonükleotidin bağlanarak ilgili gen bölgesini kapatmasıyla oluşur. Böylece ribozomun gen dizisini okuması sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel işlemler inhibe edilir ve gen, ürün oluşturamaz.

Bu moleküllerin nükleazlardan korunmaları için çeşitli modifikasyonlar yapılmıştır. Bu modifikasyonlara göre antisens oligonükleoititler (ASO) kuşaklara ayrılabilirler. Modifikasyonlar ile nükleazlardan korunmalarına rağmen, hücre içlerine girişleri sınırlıdır. Bu kısıtlılığı giderebilmek amacıyla konjuge peptidler ve lipid bazlı taşıyıcı sistemler gibi çeşitli yöntemler kullanılması gerekmektedir.

Bakteri için esansiyel olan genlerin inhibisyonuyla ASO dizileri antibakteriyel olarak kullanılabilir. Ayrıca direnç genlerini hedef alan diziler sayesinde bakteriler duyarlı hale getirilebilirler. Antibiyotik direnç mekanizmalarından etkilenmeyen antisens tedavi stratejisinin pek çok bilim insanının ilgisini çekmektedir. Bu moleküllerin genel özellikleri, çalışma prensipleri ve bakteri eradikasyonu amacıyla kullanımını içeren çalışmalar bu derlemede özetlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: Antisens oligonükleotidler, gen susturumu, antisens antibakteriyaller

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Human Papillomavirusun L1 Gen Bölgesinin Klonlanması ve Açıklatılması
Cloning and Expression of L1 Gene Region of Human Papillomavirus
doi: 10.5222/TMCD.2016.058 Sayfalar:58-62
Yasemin Bulut, Zülal Aşçı Toraman, Adnan Seyrek 

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, human papillomavirusun (HPV) yüksek patojenik genotiplerinin (HPV 16 ve HPV 18) L1 gen bölgesinin klonlanması ve prokaryotik sistemde açıklatılması rapor edilmiştir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Öncelikle, HPV 16 ve 18 DNA pozitif doku örneklerinden HPV DNA’ları izole edildi. Daha sonra, L1 gen kısmı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltıldı ve pH6HTC His6HaloTag® T7 plazmid vektörde klonlandı. Bu vektörler Escherichia coli’ye transforme edildi ve transforme bakteri hücreleri ampisillin içeren vasata selekte edildi.

BULGULAR: Transforme E. coli hücrelerinden elde edilen rekombinant vektörlerde L1 geni varlığı restriksiyon enzim analizi ve PCR-tarama testleri ile belirlendi. Ampisillin içeren vasat ortamında üretilen his-işaretli L1 proteinleri pürifiye edildi. Pürifiye rekombinant L1 proteinleri sodyum dodesilsülfat–poliakrilamid jel elektroforez (SDS-PAGE) ile belirlendi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma ile elde edilen HPV L1 proteininin aşı olarak kullanımı potansiyeli bulunmaktadır. Bu nedenle bu proteinin ökaryotik sistemde açıklatılması ve aşı çalışmaları planlamaktayız.

Anahtar Kelimeler: Ekspresyon, Human papillomavirus, HPV, klonlama

3. Son Üç Yılda Kahramanmaraş Necip Fazıl Şehir Hastanesinde Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Dağılımı ve Antifungal Duyarlılıkları
Distribution and Antifungal Susceptibilities of Candida Species Isolated from Blood Cultures at Kahramanmaraş Necip Fazıl City Hospital in the Last Three Years
doi: 10.5222/TMCD.2016.063 Sayfalar:63-68
Esra Özkaya, Ahmet Çalışkan, Özlem Kirişci, Seray Tümer

GİRİŞ ve AMAÇ: Candida türleri, ciddi enfeksiyonlara yol açan fırsatçı patojenlerdir. Son yıllarda hastane kökenli mantar enfeksiyonlarında artış gözlenmekte olup, tüm hastane enfeksiyonlarının %5’inden Candida türlerinin sorumlu olduğu bildirilmektedir. Kandidemilerde en sık etken Candida albicans’dır. Ancak albikans-dışı Candida türlerinin de görülme oranı giderek artmaktadır ve antifungallere duyarlılıkları birbirlerinden farklılık göstermektedir. Çalışmamızda Ocak 2013-Aralık 2015 tarihleri arasında laboratuvarımıza çeşitli klinik birimlerden gönderilen kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin tanımlanması ve antifungal duyarlılık oranlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamız süresince Kahramanmaraş Necip Fazıl Şehir Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen tüm kan kültürü örnekleri incelenmiştir. Örnekler BACTEC/9050 (Becton Dickinson, Maryland, ABD) otomatize sisteminde inkübe edilmiştir. Maya izolatlarının tür düzeyinde identifikasyonu ve antifungal duyarlılıkları Vitek 2.0 Compact (BioMérieux, Fransa) otomatize sistemi kullanılarak saptanmıştır. İzolatlarının flukonazol, vorikonazol, flusitozin, amfoterisin B ve kaspofungine duyarlılık kategorileri Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI M27-A3) standartlarına göre belirlenmiştir.

BULGULAR: Çalışma süresince laboratuvarımıza toplam 8271 kan kültürü örneği gönderilmiştir. Gönderilen örneklerin 6419 (%77.6)’unda üreme saptanmamıştır. Elli hastaya ait 93 kan kültürü örneğinde Candida spp. üremesi görülmüştür. Kan kültürlerinde Candida spp.
tespit edilen hastaların 2’si (%4.0) dâhiliye servisinde, diğerleri (%96.0) yoğun bakım ünitelerinde tedavi görmekteydi. İzolatların %62.0’ını Candida parapsilosis oluşturmaktadır. İkinci sıklıkta C. albicans (%34.0) saptanmıştır. Candida tropicalis ve Candida krusei türlerinden ise birer izolat (%2.0) bulunmuştur. Antifungal duyarlılık testlerinde flusitozine karşı hiç direnç saptanmamıştır. En düşük duyarlılık oranının (%74.2) C. parapsilosis izolatlarında vorikonazole karşı olduğu görülmüştür. C. albicans izolatlarında amfoterisin B’ye %94.1 oranında duyarlılık görülmüşken, test edilen diğer antifungal maddelere direnç bulunmamıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda, en sık yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü örneklerinde Candida türleri saptanmıştır. Ayrıca çalışmamızda, en sık C. parapsilosis, ikinci sıklıkta ise C. albicans türü tespit edilmiştir. İzole edilen kandida türlerinin bazı antifungallere karşı dirençli olduğu görülmüştür. Bu durum, özellikle yoğun bakım ünitelerindeki hastalarda, tür düzeyinde tanımlamasının ve antifungal duyarlılıklarının bildirilmesinin tanı ve tedavi takibinde oldukça önemli olduğunu düşündürmüştür.

Anahtar Kelimeler: Antifungal duyarlılık, Candida türleri, kan kültürü

4. Candida albicans’ın Salgısal Asit Proteinaz Etkinliğinin Araştırılmasında In Vivo Model Olarak Galleria mellonella Larvanın Kullanılması
Using Galleria mellonella Larvae as the in Vivo Model in Investigating the Secretory Acid Proteinase Activity of Candida albicans
doi: 10.5222/TMCD.2016.069 Sayfalar:69-75
Ali Alvandian, Mohamad Hasan Jawadi, Zeynep Nur Altıntaş, Naci Yıldız, Meral Karaman 

GİRİŞ ve AMAÇ: Enfeksiyon hastalıklarının patogenezinin araştırılmasında, fare-sıçan modelleri uzun yıllardır kullanılmaktadır. Tıbbi öneme sahip birçok mikroorganizmanın model konakçısı olarak Galleria mellonella larva kullanımı literatürde kabul görmüştür. Bu çalışmada, Candida albicans’ın salgısal asit proteinaz (SAP) enzim aktivitesinin, konakçı modeli olarak G. mellonella larva üzerindeki etkileri araştırılmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Enfeksiyon modeli için, salgısal asit proteinaz (SAP) enzim aktivitesi sığır serum albümin agar yöntemi ile olumlu ve olumsuz olarak bulunan iki klinik C. albicans kökeni kullanıldı. Son larval evrede, 2-3 cm uzunluğunda, 250-300 mg ağırlığında, sağlıklı G. mellonella larvalar dört gruba ayrıldı; kontrol, “sham” (fosfat tampon), SAP olumlu ve SAP olumsuz (5x105 CFU/ml) C. albicans ile enfekte grup. İnokulasyon sonrası larvalar 37ºC’de bekletildi. Doksan altı saat sonra sağlık durumları skorlandı, sakrifiye edildi ve fungal yük araştırıldı.

BULGULAR: Larvalar aktivite, yaşamda kalma, melanizasyon ve fungal yük açısından değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı bir farklılık olduğu saptandı. Kontrol ve “sham” gruplarında ölüm ve melanizasyon gözlenmezken, 96. saat sonunda patojen üremesi de saptanmadı. SAP olumlu ve olumsuz gruplar arasında fungal yük, melanizasyon ve toplam sağlık skoru açısından anlamlı farklılık bulundu (p<0.05).

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda, C. albicans’ın SAP enzim aktivitesinin virülansta rol oynadığı G. mellonella larva modelinde gösterilmiştir. Fungal enfeksiyonların ve SAP gibi virülans faktörlerinin konak hücreye etkilerinin araştırılmasında G. mellonella larva modelinin güvenilir, uygulaması kolay ve ucuz bir model olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Larva modelinin, memeli modellerine alternatif olarak yaygınlaşması etik kaygıların azalmasına da katkıda bulunacaktır.

Anahtar Kelimeler: Candida albicans, Galleria mellonella, salgısal asit proteinaz

5. Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Tıbbi Parazitoloji Laboratuvarında 2011-2015 Yılları Arasında Saptanan Bağırsak Parazitlerinin Dağılımı
Frequency of Intestinal Parasites Detected in the Laboratory of Medical Parasitology in Celal Bayar University Hafsa Sultan Hospital Between 2011 and 2015
doi: 10.5222/TMCD.2016.076  Sayfalar:76-81
Serkan Baştemir, Koray Öncel, Kor Yereli, Ali Ahmet Kilimcioğlu, Cüneyt Balcıoğlu, Nogay Girginkardeşler

GİRİŞ ve AMAÇ: Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Tıbbi Parazitoloji laboratuvarına Ocak 2011 ve Aralık 2015 tarihleri arasındaki beş yıl içinde selofan bant ve dışkıda parazit bakısı için başvuran toplam 19042 hastanın sonuçları değerlendirilmiştir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüm dışkılara doğrudan bakı (nativ-Lugol), formol etil asetat çöktürme ve trikrom boyama yöntemleri uygulanmıştır. Ayrıca selofan bant örneği alınan 7757 hastanın preparatları incelenmiştir.

BULGULAR: Beş yılda başvuran 19042 hastanın 1865’inde (%9.79) bağırsak paraziti saptanmıştır. En yüksek parazit oranına 2013 yılında (%13.19) rastlanmıştır. En sık Blastocystis spp. 1.263 (%6.63), Giardia intestinalis 277 (%1.45) ve Dientamoeba fragilis 160 (%0.84) dışkı örneğinde görülmüştür. Selofan bant örneği alınan 7757 hastanın 139’unda (%1.79) Enterobius vermicularis görülmüştür. Pozitif olguların 127’sinde (%6.33) iki veya daha fazla parazit birlikte görülmüştür. Kadınlarda parazit görülme oranı %11.2 iken, erkeklerde %10.81 olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bağırsak parazit bakısı için beş yıllık süreçte başvuran hastalarda en sık Blastocystis spp., G. intestinalis ve D. fragilis görülmüştür. Bulgularımız bağırsak parazitlerinin önemli bir halk sağlığı sorunu olduğunu göstermiştir.

Anahtar Kelimeler: Bağırsak parazitleri, Manisa, Trikrom boyama

6. Yoğun İnce Benekli (DFS) Paterninde Antinükleer Antikor Varlığı Tespit Edilen Hastaların ICD Kodlarının Retrospektif Olarak Araştırılması
Retrospective Investigation of ICD Codes of Patients with Dense-Fine Speckled (DFS) Pattern Antinuclear Antibodies
doi: 10.5222/TMCD.2016.082 Sayfalar:82-87
Erhan Kongur, Neşe Kaklıkkaya, Gülçin Bayramoğlu, Esra Özkaya, Şükran Önder, Rukiye Akyol, Bünyamin Kasap 

GİRİŞ ve AMAÇ: Sistemik dolaşımda anti-nükleer antikorların (ANA) varlığının tespiti birçok otoimmün hastalığın tanısı için anahtar rol oynamaktadır. Ancak indirekt immünofloresan (IIF) tarama testlerinde sıkça karşılaşılan ve anti-DFS70 antikorlarının varlığı ile ilişkilendirilebilen yoğun ince benekli (dense fine spekled, DFS) ANA paterninin hastalıklar ile ilişkili olup olmadığı henüz netleşmemiştir. Bu çalışmada, DFS paterninde ANA varlığı ile hastaların klinik tanıları ya da semptomları arasındaki ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: ANA-IIF tarama testinde DFS paterni varlığı belirlenen 200 hasta çalışmaya dâhil edilmiştir. Hastaların klinik bilgilerinin elde edilmesi amacıyla hastaların hekimleri tarafından belirlenen International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD) kodları retrospektif olarak incelenmiştir.

BULGULAR: DFS paterninde ANA varlığı tespit edilen hastaların 158’i (%79.0) kadın, 42’si (%21.0) erkektir. Bu antikorlar en sık 1-10 yaş (58 hasta, %29.0), en az 71-80 yaş aralığında (bir hasta, %0.5) olan hastalarda tespit edilmiş, yaş ilerledikçe görülme sıklığının azaldığı belirlenmiştir. Hastaların 26’sında (%13.0) sistemik otoimmün romatizmal hastalık (SORH), sekizinde (%4.0) organa spesifik otoimmün hastalık, dokuzunda (%4.5) malignensi tanısı konduğu, 127 hastanın (%63.5) ise çeşitli sistemlere ait farklı hastalıklar, semptomlar ya da tanımlamalar içeren ICD kodları ile takip edildiği görülmüştür. Hastaların 30’unda (%15.0) ICD kodu belirtilmemiştir.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada DFS paternindeki ANA pozitifliğinin kadın hastalarda ve erken çocukluk evrelerinde daha sık görüldüğü tespit edilmiştir. Spesifik bir hastalık ile ilişkilendirilemese de bu paternin SORH’da da pozitif olabileceği, bu nedenle DFS paterninde ANA varlığı tespit edilen hastaların klinik bulgular eşliğinde değerlendirilmesi gerektiği sonucuna ulaşılmıştır.

Anahtar Kelimeler: Antinükleer antikor, DFS paterni, ICD kodları

7. Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (GSBL) Üreten Escherichia coli ve Klebsiella spp. İzolatlarında CTX-M Enzimlerinin Belirlenmesi
Detection of CTX-M Enzymes in ESBL (Extended-Spectrum Beta-Lactamases) Producing Escherichia coli and Klebsiella spp Isolates
doi: 10.5222/TMCD.2016.088 Sayfalar:88-96
Esra Deniz Ögedey, Füsun Cömert, Füruzan Köktürk, Canan Külah, Elif Aktaş 

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, hastanemize başvuran hastalardan etken olarak izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella spp. izolatlarının, GSBL üretiminin ve CTX-M enzim tiplerinin araştırılması amaçlandı.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Haziran-Aralık 2009 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden toplam 593 izolat çalışmaya dâhil edildi. Antibiyotik duyarlılık testi disk difüzyon yöntemi ile yapıldı. GSBL üretimi çift disk sinerji ve E test ile doğrulandı. GSBL üreten izolatlar için sefotaksim minimal inhibitör konsantrasyonları agar dilüsyon ile belirlendi. İzolatlarda polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle CTX-M enzim grupları (CTX-M grup, CTX-M-1 grubu, CTX-M-2 grubu, CTX-M-8 grubu, CTX-M-9 grubu, CTX-M-25 grubu) araştırıldı.

BULGULAR: İzolatların %33.7’sinin (200/593) GSBL ürettiği (E. coli %34.3, K. pneumoniae %31.3) belirlendi. Yatan hastalardan izole edilen izolatlarda GSBL üretimi anlamlı olarak yüksek bulundu. GSBL üreten izolatlar diğer izolatlara göre, siprofloksasin, levofloksasin, amoksisilin/klavulanik asit, piperasilin/tazobaktam, gentamisin, amikasin, tobramisin, trimetoprim-sülfometoksazol ve nitrofurantoine anlamlı olarak dirençli bulundu. GSBL üreten izolatların 192’sinde (%96) CTX-M enzimi belirlendi. CTX-M ürettiği saptanan izolatların %96.8’inde (186/192) CTX-M-1 grubu %5.2’sinde (10/192) CTX-M-2 grubu, %1’inde (2/192) CTX-M-8 grubu ve %1.5’unda (3/192) CTX-M-9 grubu saptandı. CTX-M-1 grubu GSBL ürettiği belirlenen 186 izolatın 165’inde (%88.7) CTX-M-15 enzim tipi saptandı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastanemizden elde edilen izolatlarda GSBL oranları oldukça yüksek bulunmuş olup, en sık enzim grubu CTX-M-1 grubu ve en sık enzim tipi CTX-M-15 enzimi olarak saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler: CTX-M, Escherichia coli, GSBL, Klebsiella spp.

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın