Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-3 2016

    
DERLEME

1. Ülkemizde Yoğun Bakım Ünitelerinde Antimikrobiyal Direnç Sorunu
The Problem of Antimicrobial Resistance in Intensive Care Units in Turkey
doi: 10.5222/TMCD.2016.097 Sayfalar:97-104
Pınar Çıragil

Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) multidisipliner hizmet veren ve hastane yatak kapasitelerine oranla enfeksiyonlarının en sık görüldüğü bölümleridir. Özellikle çoklu ilaca dirençli enfeksiyonlar ve yoğun antibiyotik kullanımı ciddi sorunlar oluşturmaktadır. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus, vankomisine dirençli enterokoklar, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz ve karbapenemaz üreten Escherichia coli, Klebsiella türleri ve diğer Enterobacteriaceae ailesi üyeleri, Acinetobacter türleri ve Pseudomonas aeruginosa YBÜ’lerinde hastane enfeksiyonlarından (Hİ) sıklıkla sorumlu tutulan dirençli mikroorganizmalardır. Hastalara uygulanan invaziv girişimler, hastalığın şiddeti, yetersiz enfeksiyon kontrolü gibi faktörler enfeksiyon artışına neden olabilmektedir. Bunun yanı sıra üçüncü kuşak sefalosporinler, anti-pseudomonal penisilinler, karbapenemler, florokinolonlar gibi geniş spektrumlu parenteral antibiyotik kullanımı da hastane enfeksiyonu gelişiminde rol oynamaktadır. Antibiyotiklere dirençli etkenlerin neden olduğu enfeksiyonlar yalnızca morbidite ve mortaliteyi artırmakla kalmayıp, hastanede yatış süresinde uzama, maliyet ve değişik ciddi medikal komplikasyonlarda artışla sonlanmaktadır.

Hastanelerde ve özellikle YBÜ’lerinde sürekli gözetim gerektiren Hİ’na yönelik önlemler alınması ve ampirik veya kanıta dayalı etkin antimikrobiyal tedavinin yapılabilmesi için, YBÜ’lerinde sıklıkla saptanan etkenlerin ve antibiyotik duyarlılıklarının izlenerek tedavi protokollerinin bu doğrultuda güncellenmesi gereklidir. Dolayısıyla yapılacak sürveyans çalışmaları ile gerçek sorunlar saptanıp, kümülatif antibiyogram sonuçları ile desteklenerek hedefe yönelik tedavi uygulanabilir ve YBÜ’lerinde yaşamı tehdit eden enfeksiyonlar kontrol altına alınabilir.

Anahtar Kelimeler: Antibiyotik direnci, yoğun bakım ünitesi

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Farklı Çevre Koşullarında Klinik Salmonella İzolatlarının Biyofilm Oluşturma Kapasitesinin Araştırılması
Investigation of Biofilm Forming Capacity of Clinical Salmonella Isolatesunder Different Environmental Conditions
doi: 10.5222/TMCD.2016.105 Sayfalar:105-111
Zaliha Baltacıoğlu, Fethiye Ferda Yılmaz, Mine Hoşgör Limoncu, Şöhret Aydemir, Alper Tünger

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Salmonella spp. izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının, biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırılması ve ayrıca biyofilm oluşumuna çeşitli ortam koşullarının ve siprofloksasin (CIP) varlığının etkilerinin incelenmesi amaçlandı.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Bakteriyoloji Laboratuvarı’nda 2012 yılında izole edilen 44 Salmonella spp. izolatı çalışmaya alındı. İzolatların CIP duyarlılıkları CLSI kriterlerine göre mikrodilüsyon yöntemi ile ve biyofilm oluşturma kapasiteleri kristal
viyole kullanılarak spektrofotometrik mikroplak yöntemi ile araştırıldı. Daha sonra, farklı sıcaklık, NaCl konsantrasyonu, pH değeri uygulanan koşullar altında ve farklı konsantrasyonlarda CIP (1/2MİK, MİK, 2MİK) varlığında biyofilm oluşturma kapasiteleri araştırıldı. Orta ve güçlü düzeyde biyofilm oluşturabilen Salmonella izolatları için her bir parametrenin biyofilm oluşumuna etkisi diğer iki parametre sabit tutularak (sıcaklık: 4°C, 20 °C, 37°C, pH: 4, 6, 7.3, NaCl: %0.5, %4, %6) test edildi.

BULGULAR: Standart koşullarda (37°C, pH: 7.3, NaCl: %0.5), orta düzeyde biyofilm (%59) ve güçlü biyofilm (%5) oluşturan 28 izolatın pH: 6’da pH: 4’e, %6 NaCl’de %4 NaCl’ye ve 20°C de 4°C’ye göre daha iyi biyofim oluşturduğu gözlendi. Bir Salmonella izolatında CIP direnci saptanırken, bir izolat da orta duyarlı olarak bulundu. CIP, orta düzeyde biyofilm oluşturan bir izolatta hem biyofilm üretimini azalttı hem de önceden oluşmuş biyofilm tabakası üzerinde inhibe edici etki gösterdi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma, incelenen Salmonella izolatlarının belirli çevre koşullarında daha fazla biyofilm oluşturarak yaşam şanslarını arttırabildiklerini ve CIP’nin biyofilm üretimi üzerine etkili olduğunu ortaya koymuştur.

Anahtar Kelimeler: Biyofilm, Salmonella, siprofloksasin

3. Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae Üyelerinin Rektal Sürüntü Örneklerinden Saptanmasında BD MAXTM CRE Yönteminin Etkinliği
Efficiency of BD MAXTM CRE Method on Detection of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae spp. from Rectal Swab Samples
doi: 10.5222/TMCD.2016.112 Sayfalar:112-121
Ayşe Nur Sarı, Sema Alp Çavuş, Zeynep Gülay

GİRİŞ ve AMAÇ: BD MAXTM CRE Assay, karbapenem dirençli Enterobacteriaceae üyelerinde KPC, OXA-48 ve NDM direnç genlerinin belirlenmesinde kullanılan, DNA eldesi gibi basamakları otomatize olan, bir gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kitidir. Bir seferde 24 örneğin çalışılabildiği bu sistemde, örneklerin yaklaşık 20-30 dakika süren ön işlemlenmesinden sonra, 2.5-3 saatte sonuç alınabilmektedir. Bu çalışmada, BD MaxTM CRE Assay yöntem etkinliğinin Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarımızda kullanılan yöntem ile karşılaştırarak araştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde riskli ünitelerde yatan hastalardan alınan rektal sürüntü örneklerinde, BD MaxTM CRE Assay ve Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarı’mızda kullanılan kültür ve “in-house” polimeraz zincir tepkimesi (PZT) yöntemi ile karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae (KÜE) taranmıştır. Her iki yöntem için de 46 hasta örneği çalışmaya dâhil edilmiş olup, karbapenemaz genleri bilinen iki örnek de pozitif kontrol olarak eklenmiştir.

BULGULAR: Enterobacteriaceae üyelerinde herhangi bir karbapenemaz geninin pozitifliği esas alınarak değerlendirme yapıldığında, her iki yöntemle de 26 örnekte Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenemaz geni saptanmamıştır. On beş örnekte ise saptanan enzimler arasında fark olmakla birlikte, her 2 yöntemle de en az bir karbapenemaz geni saptanmıştır. Kalan 5 örneğin 3’ünde kültür ve PZT yöntemi ile 2’sinde ise BD MAXTM CRE ile karbapenemaz geni saptanmıştır. BD MAXTM CRE için duyarlılık %88, özgüllük %90, negatif prediktif değer %93 ve pozitif prediktif değer %83 olarak hesaplanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: BD MAXTM CRE sistemi etkinliğinin belirlenmesinde daha fazla sayıda çalışmaya gereksinim olmakla birlikte, çalışma bulgularımız, yöntemin karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae üyelerinin hızla saptanmasını ve taşıyıcıların belirlenmesini sağlamak amacıyla kullanılmaya uygun olduğunu göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Hızlı tarama testleri, Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae, NDM/OXA-48/KPC

4. Antalya Yöresinde Bazı Otel Yemeklerinde Staphylococcus aureus Enterotoksini Araştırılması
Investigation of Staphylococcus aureus Enterotoxins in the Hotel Food in Antalya, Turkey
doi: 10.5222/TMCD.2016.122  Sayfalar:122-127
İbrahim Yıldırım, Rasih Felek

GİRİŞ ve AMAÇ: Micrococcaceae familyasının üyesi olan Staphylococcus aureus insanlarda gıda zehirlenmelerinde en önemli bakterilerden biridir. Gıdalarda bulunması gıda işletmeleri ile büyük mutfaklarda hijyen eksikliğinin göstergesi olarak kabul edilir. Bu çalışma Antalya’da, turizm sektöründe hizmet veren otel işletmelerinde S. aureus enterotoksin varlığı ve tipinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma altı otelden alınan sıcak yemek örneklerini (her otelden onar örnek) içermektedir. Alınan gıda örnekleri önceden hazırlanan egg-yolk tellurite emusion içeren Braid Parker Agar’a ekilerek identifiye edilmiştir. İzole edilen S. aureus’lar enterotoksin analizi “Reversed Passive Latex Agglutinasyon” (Oxoid, Birleşik Krallık) ticari kiti ile yapılmıştır.

BULGULAR: Altmış adet yemek örneğinin 21’inde (%35) S. aureus ile kontamine olduğu, bunların sayılarının 1.0x103-4.7x104 kob/g olduğu bulunmuştur. S. aureus sayısının 1.0x103’ten fazla olan 12 gıda örneğinin altısında enterotoksin pozitif bulunmuştur. Birinci otelde bir adet stafilokokkal enterotoksin B pozitif, ikinci otelde bir adet stafilokokkal enterotoksin C pozitif, üçüncü otelde bir adet stafilokokkal enterotoksin C pozitif saptanırken, dördüncü otelde pozitif enterotoksin bulunamamış, beşinci otelde bir adet stafilokokkal enterotoksin B pozitif, altıncı otelde bir adet stafilokokkal enterotoksin A ve bir adet stafilokokkal enterotoksin D pozitif olarak bulunmuştur. İncelenen 21 S. aureus bakterisinden stafilokokkal enterotoksin A, bir gıda örneğinde (%4.8), enterotoksin B iki gıda örneğinde (%9.4), enterotoksin C iki gıda örneğinde (%9.4) ve enterotoksin D bir gıda örneğinde (%4.8) pozitif bulunmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Genelde her şey dâhil şeklinde hizmet veren otellerde sıcak yemekler en fazla hassasiyet gerektiren bölümünü oluşturmaktadır. Isıl işlem görmeleri toksin barındırmama açısından etkili olmamaktadır. Genel sanitasyon kuralları ve HACCP gibi gıda güvenliğine, personel hijyenine dönük uygulamalara daha fazla önem verilerek tüketici sağlığı daha iyi korunabilir.

Anahtar Kelimeler: Gıda intoksikasyonu, hazır yemek, Staphylococcus aureus enterotoksin

5. Antibiyotik Kontrol Ekibi Bakış Açısı ile Cerrahi Yara Enfeksiyonlarına Yaklaşım
Approach to Surgical Wound Infections from the Perspective of Antibiotic Control Team
doi: 10.5222/TMCD.2016.128 Sayfalar:128-134
Nilay Çöplü, Mustafa Çağatay, Nesibe Aygün Ünal, Şeyma Singer, Duygu Öcal

GİRİŞ ve AMAÇ: Cerrahi yara enfeksiyonları için hastanemizde ameliyat öncesi profilaktik olarak sefazolin, yara enfeksiyonu geliştiğinde ise ampirik olarak gram pozitifler için teikoplanin veya vankomisin, gram negatifler için piperasilin-tazobaktam başlanmakta, kültür ve antimikrobiyal duyarlılık test (ADT) sonucuna göre antimikrobiyal tedavi yeniden düzenlenmektedir. Bu çalışmada, ampirik tedaviye ve ADT sonucu çıktığında seçilecek öncelikli ilaçlara yol göstermek için veriler analiz edilmiştir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na 01.12.2014- 31.12.2015 tarihleri arasında gönderilen yara kültürlerinin direkt Gram boyası incelenmiş, %5 koyun kanlı ve EMB agara ekilmiştir. İnkubasyon sonunda bakteriyel üreme, mikroskopi ve gerekirse klinikle iletişim sonucunda etken düşünüldüğünde tanımlama ve ADT için konvansiyonel yöntemler, Phoenix (BD Diagnostic Systems, ABD) otomatize sistemi, disk difuzyon ve gradient test (Liofilchem, İtalya) kullanılmıştır. ADT “European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing” (EUCAST) kriterlerine göre çalışılmış ve raporlanmış, gerektiğinde “Clinical Laboratory Standards Institute” (CLSI) sınır değerlerinden yararlanılmıştır.

BULGULAR: Poliklinik, servis ve yoğun bakımda sırasıyla 23, 44 ve 24 adet olacak şekilde toplam 91 adet suş izole edilmiştir. Enterobacteriaceae 50 (23’ü Escherichia coli), nonfermenter 29 (18’i Acinetobacter spp.), Staphylococcus spp. 25 (17’si Staphylococcus aureus) 5 Streptococcus spp. ve 2 Enterococcus spp. üremiştir. ADT sonuçları yine sırasıyla amikasin (%100) ve karbapenemler (%90); kolistin (%100), amikasin (%100) ve piperasilin-tazobaktam (%90); trimetoprim-sülfametoksazol (%100), vankomisin (%100), teikoplanin (%100), linezolid (%100), daptomisin (%100), klindamisin (%94) ve topikal olarak fusidik asit (%92) en duyarlı bulunan antimikrobiyaller olmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bulgularımıza göre direkt bakıda gram negatif kok görülmesi hâlinde Acinetobacter spp için kolistin başlanması, basilse amikasin ya da karbapenemler, gram pozitif koksa topikal olarak fusidik asit, sistemik olarak trimetoprimsülfametoksazol veya klindamisin başlanması uygun olacaktır. Hastanemizin gram negatifler için ampirik tedavi politikasının değiştirilmesi, gram pozitifler için ise yüksek yüzde ile duyarlı bulunan A grubu ilaçlara öncelik verilmesi önerilir. Üreme sonrası gram özelliğine bakarak ampirik tedaviye devam edilebilir ya da kesilebilir, ADT sonuçları çıktığında duyarlı ise A grubu ilaçlarla değiştirmek, değilse B grubuna geçmek, zorunlu olmadıkça C grubu ilaçları kullanmamak yerinde bir tutum olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal direnç, cerrahi yara, antibiyotik kontrol ekibi

6. Lamivudin Tedavisi Alan Kronik Hepatit B Hastalarında Direnç Mutasyonlarının Moleküler Yöntem ile Belirlenmesi
Detection of Resistance Mutations in Chronic Hepatitis B Patients Receiving Lamivudine Therapy Using Molecular Method
doi: 10.5222/TMCD.2016.135 Sayfalar:135-140
Sevin Kırdar, Mehmet Hadi Yaşa, Neriman Aydın, Berna Gültekin Korkmazgil

GİRİŞ ve AMAÇ: Hepatit B virüs (HBV) enfeksiyonu önemli bir sağlık problemi olup tüm dünyada morbidite ve mortalite’nin başlıca nedenlerinden biridir. Bu virüsün neden olduğu enfeksiyonun kronikleşmesi karaciğerde fibrozis, siroz ve kansere yol açabilmektedir. Kronik hepatit B tedavisinde kullanılan antivirallere karşı gelişen dirençte yıllar içinde artış olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda, multipleks PCR ve ters hibridizasyon yöntemi ile lamivudin (LAM) tedavisi alan kronik Hepatit B hastalarında ilaç direnci mutasyonlarının sıklığı ve mutant suş tiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya Mayıs 2007-Ocak 2012 tarihleri arasında.................... Hastanesi Gastroenteroloji Polikliniğinde kronik hepatit B (KHB) tanısıyla izlenen ve bir yıl süre ile LAM kullanan 50 hasta alınmıştır. HBV serolojisi (HBsAg, anti-HBs, anti-HBc IgM ve total, HBeAg, AntiHBe) kemilüminesan immünolojik yöntem ile Architect otoanalizöründe çalışılmıştır. Serum örneklerinden HBV DNA izolasyonu ticari bir kit ile üretici firma önerileri doğrultusunda yapılmıştır. HBV DNA düzeyleri gerçek zamanlı PCR yöntemi ile belirlenmiştir. HBV’ünde LAM direncine neden olan mutasyonlar multipleks PCR ve ters hibridizasyon yöntemi ile araştırılmıştır.

BULGULAR: Çalışmamızda bir yıl lamivudin tedavisi kullanmış, kronik B hepatitli 50 hastanın 12’sinde (%24) primer ve onarıcı mutasyonlar belirlenmiştir. Mutasyon saptanan hastalardan altısında ( %50) LAM direnci (rtM204I, YIDD motifi) tek başına, dördünde ( %33.3) LAM ve ADV direnci birlikte ve iki hastada (%16.7) LAM ve ADV direnci birlikte kompensatuvar (onarıcı) mutasyonlar saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda en sık rtM204I ve rtL180 mutasyonları belirlenmiştir........ ilinde lamivudin kullanan kronik hepatit B hastalarında, LAM direnci ülkemizde yapılan önceki çalışmalardakine benzer oranda bulunmuştur.

Anahtar Kelimeler: Hepatit B virus, lamivudin, direnç, mutasyon

OLGU SUNUMU
7. Liberya Kökenli Plasmodium falciparum’un Etken Olduğu İmporte Bir Sıtma Olgusu
Plasmodium falciparum Malaria Imported from Liberia
doi: 10.5222/TMCD.2016.141 Sayfalar:141-145
Yüksel Akkaya, Mustafa Şengül, Zeynep Uzun, Zühre Alpua, Emin Oğuzhan Oğuz, Seher Topluoğlu, Ebru Aydın

Bu rapor, Liberya’ya yaptığı bir iş yolculuğu sonrasında üşüme, titreme ve yüksek ateş bulguları ile hastaneye başvuran ve sıtma tanısı alan hastaya ait bir olgudur. Otuz dört yaşında erkek hasta, periferik kandan hazırlanan ince yayma ve kalın damla preparatlarının mikroskopisi sonucunda Plasmodium falciparum olarak değerlendirildi. Hastanın daha önce aldığı sıtma tedavisinde doksisiklinin yetersiz olması üzerine, yeni bir tedavi protokolü düzenlendi. Tedavi sonrası klinik iyileşme gözlenen hastada, yapılan kontrol amaçlı kan yaymasında sıtma parazitine rastlanmadı. Bu olgu sunumu ile son yıllarda sıtmanın endemik olduğu bölgelere yapılan yolculuk sonrası gelişebilecek sıtma hastalığına dikkat çekmek amaçlandı.

Anahtar Kelimeler: Plasmodium falciparum, Liberya, yolculuk, importe sıtma

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın