Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-1 2017

    
ARAŞTIRMA MAKALESİ

1. Kronik Hepatit B İçin Antiviral Tedavi Alan Hastalarda Antiviral İlaç Direncinin Araştırılması
 Investigation of Antiviral Drug Resistance in Patients Receiving Antiviral Therapy for Chronic Hepatitis B
doi: 10.5222/TMCD.2017.001 Sayfalar:1-5
Demet Timur, Selma Ökahmetoğlu, Osman Özüberk, Gülten Can Sezgin, Ömür Mustafa Parkan, Özge Kaan

GİRİŞ ve AMAÇ: Kronik hepatit B (KHB) tedavisinde günümüzde interferon/pegile interferon ve çeşitli nükleozid/nükleotid analogları kullanılmaktadır. Tedavideki nükleozid analogları; lamivudin, entekavir ve telbivudin iken, tenofovir ve adefovir ise nükleotid analoglarıdır. Ancak nükleozid/nükleotid analoglarının kullanımı ile viral polimeraz geninin çeşitli bölgelerinde ortaya çıkan mutasyonlar antiviral direncine neden olarak ilacın etkinliğini azaltmaktadır. Bu çalışmada, KHB enfeksiyonu tanısı ile takip edilen hastalarda, ilaç direncinden sorumlu gen mutasyonların araştırılması amaçlandı.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi poli-klinik ve kliniklerinde KHB tanısı ile takip edilen 45 hasta çalışmaya dâhil edildi. KHB hastalarında ilaç direncinden sorumlu mutasyonları revers transkriptaz gen bölgesinde pirosekanslama yöntemi (Pyromark, Qiagen, Almanya) ile araştırıldı.

BULGULAR: Çalışmaya alınan 45 hastanın 13 (% 28.8)’ünde ilaç direnciyle ilişkili mutasyonlar saptandı. Dört örnekte M204I, 4 örnekte L180M+M204I, 2 örnekte L180M+M204V+V173L, 3 örnekte L180M+M204V mutasyonları bulundu. Bu mutasyonlar, M204I; lamivudin ve telbivudine dirençli, entekavir ve adefovire orta duyarlı, tenofovire ise duyarlı, L180M+M204I; lamivudin, entekavir ve telbivudine dirençli, adefovir ve tenofovire duyarlı, L180M+M204V+V173L; lamivudin, entekavir ve telbivudine dirençli, adefovir ve tenofovire duyarlı, L180M+M204V; lamivudin ve telbivudine dirençli, entekavir ve adefovire orta duyarlı, tenofovire duyarlı olarak raporlandı. Hastaların tedavisi antiviral ilaç direnç sonuçlarına göre planlandı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: KHB hastalarının tedavi takibinde antiviral ilaç direnç analizinin yapılması gerektiği düşüncesine varıldı.

Anahtar Kelimeler: Antiviral direnç, kronik hepatit B

2. Türkiye’nin Orta ve Güney Anadolu İllerindeki Yabani Kemiricilerde Hantavirüs Enfeksiyonlarının Serolojik Olarak Taranması
The Serological Screening of Wild Rodents for Hantavirus Infections in the Middle and Southern Anatolia Region of Turkey
doi: 10.5222/TMCD.2017.006 Sayfalar:6-10
Ceylan Polat, Ferhat Matur, Mustafa Sözen, Mehmet Ali Öktem

GİRİŞ ve AMAÇ: Hantavirüsler, enfekte kemirici ve bazı böcekçillere ait sekresyonlardaki viral partiküllerin solunması yolu ile insanlara bulaşmaktadır. Renal sendromlu kanamalı ateş (RSKA) etkeni olan Hantavirüs alt tiplerinden Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) ve Seoul (SEOV) virüslerin taşıyıcısı olarak bilinen kemirici türleri ülkemizde de yayılım göstermektedir.Hantavirüs enfeksiyonlarında grip benzeri bulguların görülmesi ve hastalığın hızla ilerlemesi, erken tanı konulmasını zorlaştırmaktadır. Bu nedenle saha çalışmaları ile alandaki Hantavirüs prevalansı belirlenmekte ve olası salgın bölgeleri öngörülerek, bölgedeki halk ve yetkili kişiler önceden uyarılabilmektedir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma ile Muğla, Antalya, Niğde, Aksaray, Konya, Karaman, Mersin, Hatay illerinden yakalanan, Apodemus spp., Microtus spp. ve Mus spp. türlerinden 193 kemiriciye ait serum örnekleri serolojik olarak tarandı. 

BULGULAR: Bu kemiricilerde Hantavirüse özgül antikor varlığı saptanmadı. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Türkiye'de Hantavirüs açısından taranmamış pek çok bölge bulunmaktadır. Yapılacak yeni çalışmalar ile diğer bölgelerde Hantavirüs prevalansının ve bölgelerin risk durumunun belirlenmesi önem taşımaktadır.

Anahtar Kelimeler: Hantavirus, kemirici, seroloji

3. Hepatit C Virus Enfeksiyonlu Hastalarda Pegile İnterferon-Ribavirin Tedavisi Yanıtı ile Kemokin Ligand ve Reseptör Düzeyleri İlişkisi
Relationship Between Pegylated Interferon-Ribavirin Treatment Response and Chemokine Ligand and Receptor Levels in Hepatitis C Virus Infected Patients
doi: 10.5222/TMCD.2017.011  Sayfalar:11-20
Orçun Zorbozan, İlknur Kaleli, Hüseyin Turgut

GİRİŞ ve AMAÇ: Kronik hepatit C virus (HCV) enfeksiyonunun tedavisinde kullanılan antiviral ajanlar ciddi yan etkilere sahiptir. HCV-RNA tedavi yanıtını değerlendirmek için kullanılmaktadır. HCV genotipi tedavi süresi ve dozunun belirlenmesinde kullanılmaktadır ancak henüz tedavi yanıtını öngörmek için bir belirteç bulunmamaktadır. Bu çalışma kemokinler, kemokin reseptörleri ve delta-32 delesyonu ile HCV enfeksiyonunda tedavi yanıtı arasındaki ilişkiyi araştırmak için tasarlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya 50 kronik HCV ile enfekte hasta ile 28 sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Serum CCL3, CCL4, CCL5, CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri ticari ELISA kiti ile ölçülmüştür. Periferik kan CD8+ hücrelerin CCR5 ve CXCR3 yüzey ekspresyonları akım sitometri tekniği ile gösterilmiştir. Delta-32 delesyonu real-time PCR ile araştırılmıştır.

BULGULAR: Hastalar tedavi yanıtına göre iki gruba ayrılmıştır. CCR5+-CD8+ ve CXCR3+-CD8+ lenfositlerin yüzdeleri her iki hasta grubunda da kontrol grubuna göre yüksek bulunmuştur (sırasıyla p=0.001, p=0.021) ancak hasta grupları arasında anlamlı fark yoktur (p=0.872). CCL4 ve CCL5 düzeyleri yanıtlı hastalar, yanıtsız hastalar ve kontrol grubu arasında anlamlı farklılık göstermemektedir. CCL3, CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri ise hasta gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. CCL3 ve CXCL9 düzeyleri yanıtlı ve yanıtsız hastalar arasında anlamlı fark göstermezken CXCL10 düzeyi yanıtsız hasta grubunda yanıtlı hasta grubuna göre anlamlı olarak yüksektir (p=0.001).

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmanın bulgularına göre kronik HCV enfeksiyonunda periferik kan CD8+ hücrelerin CCR5 ve CXCR3 yüzey ekspresyonu artmıştır ancak tedaviye yanıtlı ve yanıtsız hasta grupları arasında fark yoktur; serum CCL3, CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri HCV enfeksiyonunda artmıştır ancak sadece CXCL10 tedavi yanıtı ile ilişkili bulunmuştur.

Anahtar Kelimeler: Delta 32, kemokinler, konak-virus ilişkileri

4. Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii ve Escherichia coli İzolatlarının Antibiyotik Duyarlılık Test Sonuçlarının EUCAST ve CLSI’ya Göre Yorumlanması: Hacettepe Deneyimi
Interpretation of Antibiotic Susceptibility Test Results of Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii and Escherichia coli Isolates According to EUCAST and CLSI: Hacettepe Experience
doi: 10.5222/TMCD.2017.021  Sayfalar:21-25
Salih Maçin, Yakut Akyön Yılmaz, Özben Özden, Deniz Gür

GİRİŞ ve AMAÇ: Antibiyotik duyarlılık testleri (ADT) akılcı antibiyotik kullanımı için önemli bir katkı sağlamaktadır. Bu testlerin uygulanmasında, iki standart rehber tüm dünyada yaygın olarak kullanılmaktadır. Ülkemizde son yıllara kadar CLSI Standartları kullanılmakta iken, artık EUCAST standartlarına geçiş süreci başlamıştır. Yeni standartlara geçilmesiyle birlikte, güncel epidemiyolojik verilerin eskileriyle karşılaştırılmasında hangi antibiyotiklere dikkat edilmesi gerektiği ortaya konmalıdır. Bu çalışmanın amacı, CLSI ve EUCAST rehberlerindeki sınır değeri değişikliklerinin ADT raporlarındaki etkisini incelemektir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada 1 Ocak 2012 ve 31 Aralık 2013 arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda izole edilen ve ADT’leri CLSI ile yorumlanmış olan toplam 1650 izolattaki direnç oranları EUCAST standartlarına göre yeniden değerlendirilmiştir.

BULGULAR: CLSI ve EUCAST standartları ile alınan sonuçlar karşılaştırıldığında direnç yüzdeleri birbirine yakın bulunmuştur. Bununla birlikte, en büyük fark Pseudomonas aeruginosa`da levo-floksasin için %9.7 olarak saptanmıştır. Ayrıca P. aeruginosa için siprofloksasinde %7 fark saptanmıştır. Acinetobacter baumannii izolatlarında amikasinde (%2.8) ve levofloksasinde (%1.7) az oranda fark bulunmuştur. Escherichia coli izolatları için de siprofloksasin (%1.2), amoksisilin/klavulanat (%2.5), sefepim (%1.6) ve seftazidimde (%4.2) az oranda farklılıklar bulunmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada, ülkemizde EUCAST standartlarına geçiş sürecinde CLSI ile yorumlanmış olan sonuçlar EUCAST rehberlerinde önerilen direnç sınır değerlerine göre yine yorumlanmış ve farklar ortaya konmuştur. EUCAST standartları uygulanırken bu farklılıklar göz önünde bulundurulmalıdır.

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, antibiyotikler, CLSI, Escherichia coli, EUCAST, Pseudomonas aeruginosa

5. Balıkesir Bölgesinden Toplanan Liken Örneklerine Ait Özütlerin Escherichia coli ATCC 25922 Üzerindeki Antibakteriyel Etkinlikleri
Antibacterial Activities of Extracts of Lichen Samples Collected from Balikesir Region on Escherichia coli ATCC 25922
doi: 10.5222/TMCD.2017.026 Sayfalar:26-32
Ezgi Uçarkuş, Barış Gökalsın, Nazlıhan Yıldırım, Birkan Açıkgöz, Gülşah Özyiğitoğlu, Nüzhet Cenk Sesal

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Balıkesir çevresinden toplanan Parmelia saxatilis (L.) Ach. ve Parmelia sulcata Taylor liken türlerine ait aseton özütlerinin Escherichia coli ATCC 25922 suşu üzerindeki antibakteriyel etkinliklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Balıkesir ilinden toplanan liken örneklerinin türleri teşhis edildikten sonra aseton özütleri elde edilmiştir. Liken aseton özütlerinin Escherichia coli üzerindeki antibakteriyel ve minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) testleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Kontrol grubu olarak kanamisin antibiyotiği kullanılmış ve MİK değeri belirlenerek antibakteriyel etkinliklerinin karşılaştırılması yapılmıştır. 

BULGULAR: Liken aseton özütleri ve kanamisinin 2.5–40 µg/ml arasındaki dozları denenmiştir. Kanamisinin yalnızca 40 µg/ml’lik dozunda antibakteriyel etkinlik gözlemlenmiş ve MİK değeri 40 µg/ml olarak belirlenmiştir. Parmelia saxatilis likenine ait aseton özütünün MİK değeri 20 µg/ml, Parmelia sulcata likeni aseton özütünün MİK değeri ise 40 µg/ml olarak saptanmıştır. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Parmelia saxatilis aseton özütünün Escherichia coli üzerinde kanamisinin etkinliğinden daha düşük dozda antibakteriyel etkinliğe sahip olduğu, Parmelia sulcata aseton özütünün ise kanamisin ile aynı dozda antibakteriyel etkinlik gösterdiği görülmüştür. Çalışmadan elde edilen sonuçlara göre, gerekli testler yapıldıktan sonra yüksek antibakteriyel potansiyele sahip liken özütlerinden tedavide yararlanılabileceği öngörülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Antibakteriyel etkinlik, Escherichia coli, Parmelia saxatilis, Parmelia sulcata

6. Diyabetik Ayak Enfeksiyonlarında Etken Bakteriler ve Biyofilm Oluşturma Oranları
Bacterial Agents in Diabetic Foot Infections and Their Biofilm Formation Rates
doi: 10.5222/TMCD.2017.033 Sayfalar:33-38
Şerife Barçın Öztürk, Mustafa Bülent Ertuğrul, Esra Çörekli

GİRİŞ ve AMAÇ: Yara yatağı bakterilerin üremesi için ideal bir yüzeydir ve mikrobiyal enfeksiyonun yara iyileşmesi üzerindeki olumsuz etkileri bilinmektedir. Bakteriler hemen her türlü yüzeye yapışarak, biyofilm olarak adlandırılan kompleks yapılı topluluklar oluştururlar. Çalışmamızın amacı diyabetik ayak enfeksiyonuna neden olan etkenleri ve biyofilm oluşturma oranlarını saptamaktır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Enfekte diyabetik ülserlerinden alınan rutin kültür örnekleri, 2013-2015 yılları arasında Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda değerlendirildi. Kültür için örnekler, yumuşak doku debridmanı ve/veya kemik biyopsisi ile toplandı ve standart kültür ve tanımlama yöntemleri kullanılarak etken bakteriler tanımlandı. Biyofilm üretimi kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi ile saptandı.

BULGULAR: Toplam 55 hastanın yumuşak ve/veya kemik dokusu örneklerinden 81 etken bakteri izole edildi. En sık izole edilen bakteri Pseudomonas spp. (n=16; %19.8) idi. Biyofilm oluşumu 67 izolatta (%82.7) saptandı. Birçok mikroorganizma türünde biyofilm oluşumu görülmekle birlikte, özellikle Staphylococcus ve Pseudomonas türlerinde daha yaygın olduğu gözlendi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmalarımız diyabetik ayak enfeksiyonu etkenlerinin biyofilm oluşturmasını önlemek veya biyofilmi ortadan kaldırmak için tedavi stratejilerinin geliştirilmesi gereksinimini vurgulaması bakımından önem taşımaktadır.

Anahtar Kelimeler: Biyofilm, diyabetik ayak, kronik yara

7. Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus Suşlarında Vankomisine Karşı Azalmış Duyarlılığın Araştırılması
Investigation of Reduced Vancomycin Susceptibility in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strains
doi:  10.5222/TMCD.2017.039 Sayfalar:39-46
Emine Korkut Tunç, Çiğdem Kuzucu, Barış Otlu

GİRİŞ ve AMAÇ: Staphylococcus aureus, tüm dünyada toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonlara yol açan en önemli etkenlerden biridir. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)’da bakteriler vankomisine karşı çok yüksek minimal inhibitör konsantrasyon değerlerine sahip olduğundan, rutin duyarlılık testlerinde tespit edilebilmektedir. “Vankomisin-intermediate” S. aureus (VISA)/heterojen VISA (hVISA) suşlarının ise laboratuvarlarda uygulanan rutin duyarlılık testleriyle saptanması güçtür. Çalışmamızda, Ocak 2008-Ağustos 2013 tarihleri arasında hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilmiş çeşitli örneklerden izole edilip -80°C’de stoklanmış 52 adet MRSA suşu kullanılarak VISA ve hVISA izolatlarının sıklığının araştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu örnekler öncelikle multipleks polimerize zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile mecA, nuc ve 16S genleri açısından moleküler olarak test edildi. Bu suşlara vankomisin mikrodilüsyon, gradient test, vankomisin agar tarama (BHI-V6) uygulandı. Agar taramada üreyen dokuz suşa makrogradient test ve PAP-AUC yöntemi uygulandı.

BULGULAR: Elli iki suşta PZR ile mecA gen bölgesi gösterildi. Gradient-test ve buyyon mikrodilüsyon yöntemi ile tüm suşların vankomisine duyarlı (MİK değeri ≤2 μg/ml) olarak tespit edildi. Altı μg/ml vankomisin içeren beyin kalp infuzyon agar (BHI-V6) tarama testi sonucunda ilk 24 saatte sekiz örnekte, 48. saatte bir örnekte üreme gözlendi. Makrogradient testte dokuz suştan beş tanesinin MİK değeri ≥8 μg/ml olarak, dört suşun MİK değeri ≤8 μg/ml olarak tespit edildi. Popülasyon analiz profili sonucuna göre dokuz suş (%17.30) hVISA olarak değerlendirildi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu sonuçlara göre, vankomisine karşı azalmış duyarlılığa sahip MRSA suşları hastanemizde de mevcuttur. Bu suşların tespiti rutin laboratuvar testleri ile olası olamamaktadır. Bununla birlikte, günümüzde MRSA tedavisinde ilk tercihin glikopeptid gurubu antibiyotikler olması nedeniyle bu suşların tespiti tedavi başarısızlığının önüne geçmek için yapılmalıdır.

Anahtar Kelimeler: MRSA, vankomisin, VISA/hVISA

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın