Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-3 2017

    
DERLEME

1. Zika Virus: Güncel Durum, Koruyucu Aşı Çalışmaları ve Antiviral Tedavi Seçenekleri
Zika Virus: Current Status, Protective Vaccine Trials, and Antiviral Treatment Alternatives
doi: 10.5222/TMCD.2017.097 Sayfalar:97-105
Fatih ŞAHİNER, Kemal TEKİN, Ramazan GÜMRAL

Zika virusun keşfedilmesinden (1947, Uganda) bu yana yaklaşık olarak 70 yıl geçti, fakat son 10 yıla kadar bu virusun patogenezi ve klinik seyri hakkında çok az bilgi vardı. Bununla beraber, son yıllarda virusun klinik ve epidemiyolojik paterninde önemli değişiklikler meydana geldi. İlk olarak Zika virusun Guillain-Barré sendromu (GBS) gibi nörolojik hastalıklarla ilişkili olabileceği öne sürüldü. Daha sonra konjenital Zika virus enfeksiyonlarının mikrosefali ve diğer bazı nörogelişimsel hastalıklarla ilişkili olabileceği öne sürüldü. Bu yeni durum başlangıçta kuşkuyla karşılansa da, deneysel çalışmaların ortaya koyduğu sonuçlar ve bildirimi yapılan olguların artmasıyla Zika virus enfeksiyonlarının GBS, mikrosefali ve çeşitli nörogelişimsel ve oftalmolojik bozukluklarla ilişkili olduğunu gösteren yeni kanıtlara ulaşıldı. Etkilenen kişi sayısının son iki yılda milyonlara ulaşması ve Zika virus enfeksiyonlarının ciddi klinik tablolarla ilişkilendirilmesi küresel boyutta endişelere yol açtı. Bu gelişmelerin bir sonucu olarak, bir taraftan çeşitli koruyucu önlemler tartışılırken, diğer yandan yeni tedavi seçenekleri ve yeni aşılar üzerine yürütülen çalışmalar devam etmektedir. Aynı dönemde, Zika virus enfeksiyonlarının patogenezini açıklamaya yönelik birçok çalışma yapıldı. Bu derlemede Zika virus salgınlarının güncel durumu ve başta koruyucu aşı çalışmaları olmak üzere yeni antiviral tedavi seçenekleri ve viral patogeneze dair bilgilerin bir özeti sunulmaktadır.

Anahtar Kelimeler: Zika virus, patogenez, antiviral tedavi ve aşı

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Kistik Fibrozlu Hastaların Solunum Yolu Örneklerinden Elde Edilen Pseudomonas aeruginosa İzolatlarının Çeşitli Virülans Faktörlerine Kurkuminin Etkisi
The Effect of Curcumin to the Several Virulance Factors of Pseudomonas aeruginosa Isolates Which Obtained From Respiratory Tract Samples of Cystic Fibrosis Patients
doi: 10.5222/TMCD.2017.106 Sayfalar:106-113
Reyhan Mutlu, Aynur Eren Topkaya

GİRİŞ ve AMAÇ: Pseudomonas aeru ginosa sahip olduğu virülans faktörleri ve antibiyotiklere direnç mekanizmaları ile kistik fibrozlu hastalarda tedavisi zor olan solunum yolu enfeksiyonlarına neden olmaktadır. Curcuminin anti-inflamatuvar, anti-tümör gibi etkilerinin yanısıra antibakteriyel etkiye de sahip olduğu bulunmuştur. Bu çalışmanın amacı kistik fibrozlu hastaların solunum yolu örneklerinden elde edilen P. aeruginosa izolatlarının çeşitli virülans faktörlerine (biyofilm, elastaz, alkali proteaz) curcuminin etkisinin araştırılmasıdır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda P. aeruginosa izolatlarının (n: 65) curcumin MİK’leri agar dilüsyon yöntemiyle çalışıldı. Virülans faktörlerinden biyofilm, elastaz ve alkali proteaz mikroplakta absorbans ölçümüne dayalı yarı kantitatif yöntemlerle araştırıldı. Virülans faktörü üretimi pozitif olan izolatlar aynı anda hem sub-MİK konsantrasyondaki curcumine maruz bırakılarak hem de bırakılmadan virülans faktörü üretimini araştırmak için yeniden çalışıldı ve ölçülen absorbans değerleri istatiksel olarak karşılaştırıldı. 

BULGULAR: Çalışmamızda izolatların 11’inin (%16) curcumin MİK değeri 250-500 μg/ml arasında, 7’sinin (%11) curcumin MİK değeri 501-1000 μg/ml arasında, 5’inin (%8) curcumin MİK değeri 1001-1500 μg/ml arasında ve 42’sinin (%65) curcumin MİK değeri 1500 μg/ml üzerinde saptandı. İzolatların %54’ünde biyofilm üretimi, %74’ünde elastaz üretimi ve %68’inde alkali proteaz üretimi pozitif bulundu. Çalışılan bu üç virülans faktörünün üretimi açısından sub-MİK konsantrasyonlarda curcumine maruz bırakılarak ölçülen absorbans değerleri ile curcuminsiz olarak ölçülen absorbans değerleri arasında istatiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızın sonuçlarına göre in-vitro ortamda bir kez curcumine maruz bırakılan kistik fibroz izolatlarının virülans faktörlerinde istatistiksel olarak anlamlı bir azalma bulunmamıştır. Bununla birlikte, curcuminin toksik olmayan, anti-inflamatuvar ve anti bakteriyel bir madde olması nedeniyle bu hasta gruplarında uzun süreli kullanımının in-vivo etkilerinin de araştırılması uygun olacaktır. 

Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, Kistik fibroz, Kurkumin

3. Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırmalı analizi
Comparative Analysis of Different Methods Used for the Identification of Candida on Species Level
doi: 10.5222/TMCD.2017.114 Sayfalar:114-124
Hatice Erdem, Sidre Erganiş, Ebru Evren, Fatma Nur Aksakal, Kayhan Çağlar, Ayşe Kalkancı

GİRİŞ ve AMAÇ: İnsanlarda en sık hastalık etkeni olan Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmaları tedavi seçeneklerini değiştirdiği için büyük önem taşımaktadır. Klasik tanı yöntemlerini kullanmak açısından yetersiz olan laboratuvarların birçoğu ticari tanımlama sistemlerine başvurmaktadır. Ancak, ticari sistemlerin “doğrulukları” çeşitli karşılaştırmalı çalışmalarda değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmada Candida türlerinin tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: 2015 Haziran-2016 Haziran tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında tür düzeyinde tanımlanan 276 Candida cinsi mayanın dağılımları incelenmiş, bir yıllık dağılımı doğru temsil edecek şekilde tabakalı örnekleme yöntemine göre 72 köken seçilmiştir. Klasik tanımlama yöntemleri olan mısır unu-tween 80 agarda morfoloji ve ID32C maya tanımlama yöntemine ek olarak MALDI-TOF yöntemi sonuçları karşılaştırılmıştır. Kökenlerin 27’si için altın standart yöntem olarak rRNA gen bölgesi ITS genleri dizi analizi ve PhoenixTM yöntemi uygulanarak ikinci bir karşılaştırma yapılmıştır.

BULGULAR: Tür tanımlamasında altın standart yöntem olarak ID32C yöntemi kabul edildiğinde, 41 kökenin (% 56) her üç yöntemle de doğru olarak tanımlandığı görülmüştür. Kalan 31 kökenin ise (% 44) en az bir yöntem ile hatalı tanımlandığı anlaşılmıştır. Dizi analizi ve PhoenixTM ile yeniden tanımlanan 27 kökenden 14 tanesinin (% 52) PhoenixTM sistemi ile, 16 tanesinin (% 59) mısır unu-tween 80 agarda morfoloji yöntemi ile, 22 tanesinin (% 81) MALDI-TOF ile, 21 tanesinin (% 78) ID32C yöntemi ile doğru tanımlandığı hesaplanmıştır. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında MALDI-TOF yönteminin hızlı ve güvenilir sonuç verdiği, maliyeti göz önüne alındığında ise, Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanınmasında en güvenilir yöntemin karbonhidrat asimilasyonuna dayalı ID32C yöntemi olduğu, diğer tanımlama yöntemlerinin ise % 52 ve % 59 doğrulukta tanımlama yapabildiği hesaplanmıştır. 

Anahtar Kelimeler: Candida, ID32C, dizi analizi, MALDI-TOF, mısır unu-tween 80 agar, PhoenixTM, tür tanımı

4. Kan Kültürlerinden İzole Edilen Enterococcus faecium ve Enterococcus faecalis Suşlarının İn Vitro Daptomisin ve Linezolid Duyarlılık Profilleri
In Vitro Daptomycin and Linezolid Susceptibility Profiles of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis Strains Isolated from Blood Cultures
doi: 10.5222/TMCD.2017.125  Sayfalar:125-130
Duygu Öcal, Oğuz Alp Gürbüz, Zeynep Dansuk, Esra Akkan Kuzucu, Enes Altunay, Nalan Apaydın, Gül Erdem

GİRİŞ ve AMAÇ: Sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonların nedenleri arasında enterokok enfeksiyonları üst sıralarda yer almaktadır ve bu enfeksiyonların tedavisinde tüm dünyada giderek artan antibiyotik direnç sorunu ile karşılaşılmaktadır. Glikopeptidlere ve yüksek düzey aminoglikozidlere karşı direncin artması, linezolid ve daptomisin gibi, dirençli gram pozitif bakterilere karşı etkili antibiyotiklerin kullanımını da arttırmaktadır. Bu çalışmada kan kültürlerinden izole edilen Enterococcus faecium ve Enterococcus faecalis suşlarında daptomisin ve linezolidin in vitro etkinliğinin saptanması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya Mayıs 2015-Ağustos 2016 tarihleri arasında kan kültürlerinden izole edilen 79 Enterococcus spp. izolatı dahil edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanmasında konvansiyonel yöntemler ve Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson, ABD) kullanılmıştır. Daptomisin duyarlılığı için sıvı mikrodilüsyon, linezolid için gradiyent test yöntemi kullanılmıştır. Sonuçlar daptomisin için CLSI 2016’ya göre, linezolid için ise EUCAST 2016’ya göre değerlendirilmiştir. 

BULGULAR: Kan kültürlerinden izole edilen enterokokların 24’ü (%30.4) E. faecium, 55’i (%69.6) E. faecalis olarak tanımlanmıştır. İzolatların tamamı daptomisin ve linezolide karşı duyarlı olarak saptanmıştır. Daptomisin MİK değerleri E. faecalis için 0.006-1 µg/ml, E. faecium için 0.125-2 µg/ml olarak saptanmıştır. Linezolid MİK değerleri ise E. faecalis için 0.25-2 µg/ml, E. faecium için 0.125-2 µg/ml olarak saptanmıştır. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Enterokok suşlarına karşı in vitro olarak etkili olan daptomisin ve linezolidin dirençli enterokok enfeksiyonlarının tedavisinde iyi bir alternatif olabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda daptomisin ve linezolide dirençli suş saptanmamasına rağmen direnç gelişim olasılığına karşı mikrobiyoloji laboratuvarlarının dikkatli olması gerekmektedir.  Anahtar Kelimeler: Enterokok, daptomisin, linezolid

5. Menenjit Etkenlerinin Real-time PCR Yöntemiyle Araştırılması
Investigation of the Causative Agents of Meningitis By Real-Time PCR Method
doi: 10.5222/TMCD.2017.131  Sayfalar:131-137
Oya Akkaya, Hülya İren Güvenç, Asuman Güzelant, Meral Kaya, Şerife Yüksekkaya, Ayşegül Opuş, Muhammet Güzel Kurtoğlu, Habibe Övet

GİRİŞ ve AMAÇ: Santral sinir sistemi (SSS) enfeksiyonları, hızlı ilerleyerek ölüme veya ciddi kalıcı sekellere yol açabilmesi nedeniyle, hızlı tanı gerektiren hastalıkların başında gelir. Bu çalışmanın amacı, retrospektif olarak multiplex real-time PCR yöntemiyle BOS örneklerinden saptanan viral ve bakteriyel etkenlerin, yaşa ve mevsimlere göre dağılımını göstermektir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmaya hastanemiz moleküler ünitesine menenjit şüphesiyle gönderilen 200 hastanın BOS örneği dahil edildi. Viral etkenlerden adenovirus (AdV), sitomegalovirus (CMV), enterovirus(EV), Epstein- Barr virus (EBV), herpes simplex virus 1 ve 2(HSV), human herpesvirus 6 ve 7, human parechovirus ve parvovirus B19, varisella-zoster virus (VZV), bakteriyel etkenlerden de Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis ve Streptococcus pneumoniae pozitifliği Multiplex real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu(PCR) yöntemiyle araştırıldı.

BULGULAR: Çalışmaya alınan 200 hasta örneğinin 50’ında (%25) bakteriyel veya viral bir etken tespit edildi. Pozitif örneklerde enterovirus % 6.5’lük oranla ilk sırada yer alırken, adenovirus ve HSV-1 %5 ile ikinci sırada, S.pneumoniae ise %3.5 ile üçüncü sırada yer aldı. Pozitiflik oranının en yüksek olduğu yaş aralığı 0-5 yaş idi. 9 hastada bakteri pozitif bulundu. 2 örnekte 2 virus koenfeksiyonu görüldü.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Menenjitlerde mortalite ve morbiditeyi azaltmak için erken tanı ve tedavi çok önemlidir. PCR gibi moleküler yöntemlerle etkenlerin erken saptanması mümkün olmaktadır. Multiplex PCR testleri kolay ve hızlı testlerdir ve, çalışma sayısının artmasıyla epidemiyolojik verilerin daha da zenginleşeceği görüşüne varılmıştır.

Anahtar Kelimeler: Beyin omurilik sıvısı, polimeraz zincir reaksiyon, santral sinir sistemi enfeksiyonları

6. Boğaz Sürüntü Örneklerinde A Grubu Beta-Hemolitik Streptokokların Belirlenmesinde Bionexia Strep A Plus Hızlı Antijen Testinin Kullanımı
Use of Bionexia Strep A Plus Rapid Antigen Test in the Identification of Group A Beta-Hemolytic Streptococci in Throat Swab Samples
doi: 10.5222/TMCD.2017.138 Sayfalar:138-145
Nurcan Sayğılı, Emin Bulut, Rıdvan Deniz, Nazan Dalgıç, Elif Aktaş

GİRİŞ ve AMAÇ: Büyük bir kısmından viral etkenlerin sorumlu olduğu çocukluk çağı farenjitlerinin, %20-40 kadarında etken A grubu beta-hemolitik streptokoklar(GAS)’dır. Etkenin erken tespiti, viral olgularda gereksiz antibiyotik kullanımının önlenmesi, GAS olgularında ise antibiyotik tedavisinin erken başlanması ve böylece komplikasyonların engellenmesi açısından kritik önem taşımaktadır. Duyarlılığı yüksek ve kullanımı kolay hızlı antijen testleri, erken tanı ve uygun tedaviye önemli katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada amaç; boğaz sürüntü örneklerinde GAS tespitinde Bionexia hızlı antijen testinin etkinliğini değerlendirmektir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: 16 Kasım 2015 – 15 Şubat 2016 tarihlerinde laboratuvarımıza farenjit ön tanısıyla gönderilen 1934 boğaz sürüntüsü değerlendirilmiştir. Örneklere Bionexia Strep-A Plus (Biomerieux, France) hızlı antijen testiyle eş zamanlı kültür yapılmıştır. Tanımlamada basitrasin duyarlılığı, PYR, lateks aglütinasyon testleri ve matriks aracılı lazer desorbsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanlı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) kullanılmıştır. Kültürde GAS üreme yoğunluğu kaydedilmiştir. 

BULGULAR: Çalışma 861’i (%44.5) kadın, 1073’ü (%55.5) erkek olmak üzere 1934 hastayla yapılmıştır. Olguların yaşları 1-75 arasında olup, ortalaması 8,7±6,7’dir. Örneklerin 214’i(%11) kültür pozitif, 180’i(%9.3) antijen testi pozitif bulunmuştur. Üreme yoğunluğu daha fazla olan olguların hızlı antijen testi sonuçları anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (p=0.013). Bionexia antijen testinin kültüre göre duyarlılığı %84.1, özgüllüğü %100, pozitif kestirim değeri %100, negatif kestirim değeri %98, testin doğruluğu ise %98.2 olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: GAS farenjiti tanısında yüksek duyarlılığa sahip hızlı antijen testlerinin tercih edilmesi, erken tanı ve uygun tedaviye katkı sağlayacağı gibi antibiyotiklerin uygun kullanımı ile direnç gelişiminin önlenmesine de katkı sağlayacaktır. Bununla birlikte, negatif antijen test sonuçlarının kültürle doğrulanması, yanlış tanı ve eksik tedavinin önlenmesi açısından oldukça önemlidir.

Anahtar Kelimeler: Boğaz kültürü, GAS, hızlı antijen testi

OLGU SUNUMU
7. Seyrek İzole Edilen Bir Etken: Listeria monocytogenes
A Rarely Isolated Pathogen: Listeria monocytogenes
doi: 10.5222/TMCD.2017.146  Sayfalar:146-150
Zeynep Ayaydın, Gülseren Samancı Aktar, Arzu Rahmanalı Onur, Demet Gür Vural, Hakan Temiz

Listeria monocytogenes genelde zoonotik bir infeksiyon etkenidir. Yaşlılar veya hücresel immünitenin zayıfladığı hastalarda infeksiyon oluşturabilen önemli bir patojendir. Hastanemize yatışından dört ay önce demir eksikliği anemisi tanısı almış olan 89 yaşındaki hasta, Dahiliye servisine yatırıldıktan sonra laboratuvarımıza kan kültürleri gönderilmiştir. Bu kan kültürlerinde katalaz pozitif, oksidaz negatif, kokobasil görünümünde gram pozitif bakteri üremiştir. İzole edilen suş konvansiyonel yöntemlerle ve otomatize sistem ( VİTEK-2, bioMérieux, France) ile L. monocytogenes olarak tanımlanmıştır. Cihaz tarafından L. monocytogenes olarak tanımlanan suşumuz, Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilmiş ve bu merkezde Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDİ-TOF MS) (BrukerDaltonics, Bremen, Germany) Kütle Spektrometre yöntemi ile tür düzeyinde doğrulanmıştır. Suşumuz disk difüzyon metodu ile yapılan duyarlılık çalışmasında, çalışılan antibiyotiklerin çoğuna duyarlı, sadece siprofloksasin ve levofloksasine orta duyarlı olarak bulunmuştur. Sonuç olarak L. monocytogenes’in nadir bir menenjit etkeni olduğu bilinmesine rağmen, olgumuzda da görüldüğü gibi yaş faktörü, malinite veya altta yatan kronik bir hastalığın varlığının Listeria benzeri infeksiyonlara yatkınlığı arttırabileceği göz önünde bulundurulmalıdır.

Anahtar Kelimeler: İmmünsüpresyon, bakteriyemi, Listeria monocytogenes

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın