Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Sayı-4 2017

    
DERLEME

1. Güncel literatür ışığında kene kaynaklı viral patojenlere genel bir bakış
An overview of tick-borne viral pathogens in the light of current literature
doi: 10.5222/TMCD.2017.151 Sayfalar:151-159
Osman Aktaş, Hakan Aydın

Arachnida sınıfındaki Ixodoidea süperailesinin üyeleri olan keneler memeli, kuş, sürüngen ve amfibilerin kanıyla beslenen karasal organizmalardır. Kenelerin konak kanıyla beslenmeleri sırasında aldıkları enfeksiyöz organizmalar tükürük bezlerine, ovaryumuna, yumurtalarına ve larvalarına geçebilmektedir. Kene kaynaklı viral hastalık etkenlerinin tümü Arbovirüsler içinde yer alır. Bu virüslerden Heartland virus Amblyomma americanum adlı keneler tarafından taşınmakta ve çoklu organ yetmezliği ile ölüme neden olabilmektedir. "Trombositopeni sendromlu yüksek ateş virüsünün" majör vektörü Haemaphysalis longicornis türü kenelerdir. Nörolojik hastalıklara neden olan "Kene kaynaklı ensefalit virüsü", Powassan virus ve Louping hastalığı virüsü Ixodes türleri tarafından insanlara bulaştırılır. Hyalomma cinsi keneler tarafından taşınan "Kırım-Kongo kanamalı ateş virüsü" tüm dünyada yaygın olan bir virüstür. Sinir sistemini etkileyen Omsk hemorajik ateş virüsü ve hematopoetik hücreleri etkileyen "Colorado kene ateşi virüsü" Dermacentor spp. ile taşınırlar. Bu virüslerin hepsi bireysel ve toplumsal risk oluşturan biyogüvenlik düzeyi yüksek ajanlardır. Bu nedenle klinik örneklerle çalışırken dikkatli olunması gerekir. Bu derleme makalesinde, yukarıda sözü edilen kene kaynaklı viral patojenler hakkındaki mevcut bilgiler güncel kaynaklar ışığında sunulmuştur.

Anahtar Kelimeler: Kene kaynaklı virüsler, Heartland virus, Kırım Kongo hemorajik ateşi

ARAŞTIRMA MAKALESİ
2. Kan kültürlerinden ve diğer klinik örneklerden izole edilen Candida parapsilosis suşlarının salgısal asit proteinaz, fosfolipaz aktivitesi ve slime üretiminin karşılaştırılması
Comparison of secretory acid proteinase, phospholipase activity, and slime production in Candida parapsilosis complex strains isolated from blood cultures and other clinical samples
doi: 10.5222/TMCD.2017.160 Sayfalar:160-168
Nejla Cebeci Güler, İlknur Tosun 

GİRİŞ ve AMAÇ: Yüksek mortalite ve morbidite nedeni olan hastane kaynaklı kan akımı enfeksiyonlarında Candida türleri en sık dört etkenden biridir. Candida parapsilosis, Candida albicans’tan daha az virülan olarak kabul edilmesine rağmen, son yirmi yılda insidansında en fazla artış görülen Candida türü olmuştur. Çalışmamızda kan ve diğer klinik örneklerden izole edilen C.parapsilosis suşlarının salgısal asit proteinaz (Sap), fosfolipaz enzim aktivitelerinin ve slime üretiminin karşılaştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Onsekiz aylık süreçte kan kültürleri ve diğer klinik örneklerden izole edilen 28 C. parapsilosis suşunun asit proteinaz aktivitesi süt tozu agaroz yöntemiyle, fosfolipaz aktivitesi yumurta sarılı agar yöntemiyle, slime üretimi ise glukozlu sıvı sabouraud besiyeri ve glukozlu triptik soy broth kullanılarak tüp adezyon yöntemi ile belirlendi.

BULGULAR: Çalışma izolatlarının tümünde Sap aktivitesi tesbit edildi. Ancak kan ve kan dışı klinik izolatların Sap aktiviteleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı. İzolatların hiçbirinde fosfolipaz aktivitesi tesbit edilemedi. İzolatların 23’ünde her iki besiyerle de slime üretimi görüldü. Yalnızca bir izolat her iki besiyerle de slime negatifti. Dört izolatta ise iki farklı besiyeri ile slime üretimi açısından farklı sonuçlar elde edildi. Kan izolatları ile diğer klinik izolatların slime üretimleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark görülmedi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: C. parapsilosis izolatlarında Sap aktivitesi ve slime üretimi virülans faktörü olarak öne çıkmaktadır. Fosfolipaz aktivitesinin tesbitinde başka yöntemlerin kullanılmasının faydalı olabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Candida parapsilosis, salgısal asit proteinaz, fosfolipaz, slime

3. Trichosporon Türlerinin Tanımlanmasında Matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon-uçuş zamanlı-kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) Sisteminin API ID 32 C ve VITEK 2 ile Karşılaştırılması
Comparision of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF MS) with API ID 32C and VITEK 2 for the identification of Trichosporon species
doi: 10.5222/TMCD.2017.169 Sayfalar:169-175
Süleyman Pelit, Gonca Erköse Genç, Ayşe Barış, Zayre Erturan

GİRİŞ ve AMAÇ: Trichosporon türleri doğada geniş dağılım gösterir; insanlarda ise deri ve mukozada kolonize olabilen mayalardır. Trichosporon türlerinin neden olduğu invazif enfeksiyonlar yaygın olmamakla birlikte bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda sıklıkla fatal seyirlidir. Trichosporon türlerinin doğru identifikasyonu zor olmasına karşın uygun tedavi yaklaşımları açısından önemlidir. Fenotipik ve genotipik yöntemlere alternatif olarak Matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon-uçuş zamanlı-kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) hızlı ve doğru bir identifikasyon yöntemi olarak gündeme gelmektedir. Bu araştırmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen Trichosporon cinsi mayaların MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Bremen, Almanya) ile tür düzeyinde tanımlanması ve bu sonuçların rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında mayaların identifikasyonunda sıkça kullanılan API ID 32C (bioMérieux, Marcy I’Etoile, Fransa) ve Vitek 2 (bioMérieux, Marcy I’Etoile, Fransa) sistemleri ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Yoğun bakım hastalarından izole edilen ve konvansiyonel yöntemlerle cins düzeyinde tanımlanan toplam 45 Trichosporon suşu, MALDI-TOF MS, API ID 32C kiti ve Vitek 2 otomatize sistemi ile tanımlanmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. 

BULGULAR: Her üç sistem ile yapılan tanımlama tüm izolatlar için %100 uyumlu bulunmuştur. İzolatların 44 (% 97,8)’ü T. asahii, biri (% 2,2) ise T. mucoides olarak tanımlanmıştır. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Buna göre MALDI-TOF MS yöntemi; invazif enfeksiyonlarda en sık rastlanan Trichosporon türü olan T. asahii’nin tanımlanmasında API ID 32C ve Vitek 2 ile aynı doğrulukta ancak daha hızlı ve kolay uygulanabilen bir yöntemdir ayrıca düşük maliyetli olması bir alternatif oluşturmaktadır. 

Anahtar Kelimeler: Trichosporon, identifikasyon, MALDİ TOF MS

4. Kinolon Dirençli Escherichia coli ve Klebsiella spp. izolatlarında direnç sağlayan gen mutasyonlarının ve direnç genlerinin araştırılması
The evaluation of resistance genes and gene mutations in quinolone resistant Escherichia coli and Klebsiella spp. isolates
doi: 10.5222/TMCD.2017.176 Sayfalar:176-184
Oya Pazarlı, Füsun Cömert, Canan Külah, Elif Aktaş, Füruzan Köktürk

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, bölgemizdeki Escherichia coli ve Klebsiella spp. izolatlarında kinolon direnç sıklığının belirlenmesi, bu izolatlarda sık görülen kinolon direnç mekanizmalarının varlığının araştırılması amaçlanmıştır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Şubat-Ağustos 2009 tarihleri arasında izole edilen nalidiksik asite dirençli/orta duyarlı bulunan 265 Escherichia coli, 33 Klebsiella pneumoniae ve 2 Klebsiella oxytoca izolatında qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-Ib, gyrA ve parC gen bölgelerinin araştırılması polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle yapılmıştır. gyrA ve parC gen bölgelerindeki mutasyonların saptanması için dizi analizi yapılmıştır

BULGULAR: Nalidiksik asit direnci E. coli için % 52, Klebsiella spp. için % 27.5 olarak belirlenmiştir. Nalidiksik aside dirençli izolatlarda beta-laktam, aminoglikozit, trimetoprim-sülfometoksazole direncinin ve GSBL üretiminin anlamlı olarak daha yüksek olduğu belirlenmiştir.
gyrA için kinolon direncini tanımlayan bölgede (Ala67-Gln106) çift mutasyon olduğu, bunların Ser83Leu ve bir izolat dışında Asp87Asn, tek izolatta ise Asp87Tyr şeklinde olduğu belirlenmiştir. parC için dizileme yapılan izolatların hepsinde Ser80Ile değişimi olduğu gözlenmiş, izolatların 32’sinde (% 40.3) ilave bir mutasyon bulunduğu ve bunların 26 izolatta Glu84Val, 4 izolatta Glu84Gly, 2 izolatta ise Glu84Ala olduğu belirlenmiştir. E. coli izolatlarının 99’unda (% 37.4), K. pneumoniae izolatlarının dördünde (% 12.1) aac(6’)-Ib geni belirlenmiştir.  İncelenen izolatlarda qnr geni bulunmamıştır

TARTIŞMA ve SONUÇ: İzolatlarımızda kinolon direnci ve GSBL üretimi yüksek bulunmuştur. Kinolon dirençli izolatlarımızda gyrA ve parC bölgelerinde üç ve daha fazla mutasyonun bulunduğu ilave olarak aac(6’)-Ib’nin belirgin olarak direnç mekanizmasına eşlik ettiği belirlenmiştir. İzolatlarımızda qnr tespit edilmemiştir.

Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, Klebsiella spp., kinolon direnci, qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-Ib, gyrA mutasyonu, parC mutasyonu

5. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran hastalarda Varisella Zoster Virüs serolojik test sonuçlarının değerlendirilmesi
doi: 10.5222/TMCD.2017.185  Sayfalar:185-189
Münevver Kayın, Çağla Yıldız Alagöz, Ayşın Zeytinoğlu, İmre Altuğlu 

GİRİŞ ve AMAÇ: Herpesviridae ailesinin bir üyesi olan varisella zoster virüs (VZV) klinikleri farklı olan varisella (suçiçeği) ve zona( herpes zoster) hastalıklarının etiyolojisinden sorumlu bir virüstür. Doğru tanı ile tedavi edilebilir bir enfeksiyon etkeni olan VZV; antivirallere duyarlıdır. Serolojik tanıda VZV IgG testi özellikle kişinin etkenle karşılaşıp karşılaşmadığını göstermek açısından önemlidir. VZV IgG avidite testleri eski enfeksiyonu ayırt etmede yararlıdır ancak henüz standart değildir. Bu çalışmanın amacı, rutin tanıda yeni kullanmaya başladığımız VZV IgM ve IgG enzim immunoassay (EIA) testlerinin ve VZV IgG avidite testinin değerlendirilmesi ve rutin laboratuvar tanı yaklaşımımızı belirlenmesidir. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Viroloji Laboratuvarına VZV enfeksiyonu ön tanısı ya da viral tarama testleri istemi nedeniyle gelen 5884 VZV IgG ve 3570 VZV IgM testi, VZV IgG testi uygulandı. 

BULGULAR: 3570 örnekte uygulanan VZV IgM testinin %7.6’sı (273 örnek) pozitif, %3.4’ü (120 örnek) sınır değer ve %89 (3177) negatif olarak bulundu. VZV IgG testinde de pozitif, negatif ve sınır değer olarak saptanan hasta sayısı sırası ile 4251 (%72.2), 1363 (%23.2) ve 270 (%4.6) idi. Klinik olarak suçiçeği düşünülmeyen ancak VZV IgM testi tekrar edildiğinde de pozitif çıkan 15, suçiçeği kliniği olan ve VZV IgM testi pozitif saptanan iki ve VZV IgM testinin sınır değer çıkıp tekrar edildiğinde pozitif/sınır değer/negatif çıkan 7, toplam 24 örnekte VZV IgG avidite testi çalışıldı. Olguların hiçbirinde düşük avidite indeksi saptanmadı. Dört olguda avidite indeksi sınır değer olarak saptandı. Tüm diğer örneklerde avidite indeksi yüksek saptandı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada VZV IgM ve IgG avidite EIA testlerinin akut enfeksiyon tanısında yararının sınırlı olduğu sonucuna varılmıştır.

Anahtar Kelimeler: VZV, Seroloji, Avidite

6. Acinetobacter spp. Klinik İzolatlarında Karbapenem Direncinin Moleküler Epidemiyolojisi
Molecular Epidemiology Of Clinical Isolates Of Carbapenem Resistant Acinetobacter spp.
doi: 10.5222/TMCD.2017.190 Sayfalar:190-196
Murat Telli, Mete Eyigör, Berna Korkmazgil, Neriman Aydın, Mustafa Altay Atalay 

GİRİŞ ve AMAÇ: Acinetobacter baumannii’, çoklu antimikrobiyal direnç gösterebilmekte ve hastaneden kazanılmış enfeksiyonlarda önemi bir patojendir. Çoklu ilaca dirençli A.baumannii suşlarının tedavisinde karbapenemler tercihdir. Çalışmamızda, karbapenem dirençli A.baumannii suşlarında direnç mekanizmalarının ve moleküler epidemiyolojisinin araştırılması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızdaki 122 Acinetobacter spp. suşlarının tanımlanmasında tam otomatik tanımlama kitleri kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları CLSI kılavuzuna göre test edilmiş ve yorumlanmıştır. Bu suşlarda, OXA-23 grup, OXA-24 grup OXA-51 grup, OXA-58 grup oksasilinaz genleri ve IMP, VIM, GIM, SPM, SIM, NDM-1 metallo-betalaktamaz genleri PZR ile araştırılmıştır. Klonal dağılımı PFGE ile araştırılmıştır.

BULGULAR: Karbapenem dirençli 42 suş bulunmuştur. ARDRA deneyi ile 41 tanesi A. baumannii, bir tanesi Acinetobacter sp. olarak tanımlanmıştır. Bu suşların tamamı sefaperazon/sulbaktam, piperasilin/tazobaktam, seftazidim’e dirençli, %95’i siprofloksasine, %86’sı amikasine, %21’i tigesikline, %12’si polimiksine dirençli, kolistine dirençli suş bulunmamıştır. Suşların 30’u bir klona ait (A) bulunmuştur. Karbapenem dirençli suşlardan 18’i (%78) OXA-23 grup, 5’i (%12) OXA-58 grup direnç geni pozitif bulunurken OXA-24 grup direnç genine sahip suş bulunmamıştır. 23 (%54) suşta sadece OXA-51 grup pozitif bulunmuştur. Dört suşta, OXA-23 ve OXA-58 direnç geni beraber bulunmuştur. Karbapenemaz enzimlerinden IMP, VIM, GIM, SPM, SIM genleri bulunmaz iken, A. baumannii dışı bir suşta NDM-1 direnç geni bulunmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak, Acinetobacter spp. suşları bir suş dışında A.baumannii bulunmuştur. Karbapenem direnç oranı %34 bulunmuştur. Karbapenem direncinden en çok oksasilinaz tipi enzimler sorumlu (en sık OXA-51 grup) bulunmuştur. 30 suşun bir klona ait olması, direnç yayılımında belli bir hastane klonunun sorumlu olduğu gösterilmiştir. Sadece A.baumannii dışı bir suşta NDM-1 direnç geni bulunmuştur, diğer metallo-beta laktamaz direnç enzimleri bulunmamıştır.

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, karbapenem direnç, epidemiyoloji

7. Mersin İlindeki Akciğer Dışı Tüberküloz Olgularının Mikrobiyolojik ve Demografik Olarak Değerlendirilmesi
Microbiologic and Demographic Analysis of Extrapulmonary Tuberculosis Cases in Mersin Province
doi: 10.5222/TMCD.2017.197 Sayfalar:197-204
Gönül Aslan, Mahmut Ülger, Nuran Delialioğlu, Zehra Feza Otağ, Duygu Düşmez Apa, Gülden Ersöz, Oguz Köksel, Erdal Doruk, Necdet Kuyucu, Cengiz Özcan, Gürol Emekdaş

GİRİŞ ve AMAÇ: Mycobacterium tuberculosis, çeşitli doku ve organlara yerleşerek hastalık oluşturmakta, akciğer dışında yerleşen tüberküloz (TB) akciğer dışı tüberküloz (ADTB) olarak adlandırılmaktadır. Bu çalışmada bölgemizdeki kültür pozitifliği ile doğrulanmış ADTB olgularımızın organ ve doku yerleşimleri açısından dağılım ve demografik özelliklerinin incelenmesi ile tanıda kullanılan yöntemlerin tanısal performanslarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. 

YÖNTEM ve GEREÇLER: Mikobakteriyoloji Laboratuvarı’na çeşitli kliniklerden ADTB şüpheli 2230 hastadan gönderilen klinik örnekler rutin işleme alındı. Ehrlich-Ziehl Neelsen boyama yöntemi ve kültür yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTC) yönünden değerlendirildi. Kültüründe MTC üremesi tespit edilen hastalar retrospektif olarak değerlendirildi.

BULGULAR: ADTB şüpheli 2230 hastanın 101 (%4.5)’inde kültür yöntemleri ile MTC üremesi, 25 (1.1%) ‘inde aside dirençli basil pozitifliği tespit edildi.. Lenf bezi biyopsisi yapılan 35 (%34.7) hastanın 24 (%68.6)’ünde kazeifikasyon nekrozu saptandı. ADTB sıklığı tutulum yerlerine göre sınıflandırıldığında TB lenfadenit %34.7, genito-üriner sistem TB’si %19.8, TB plörezi %18.8, kemik-eklem TB’si %12.9, TB menenjit %10.9, periton TB’si %2 ve %1 gastrointestinal sistem TB olarak belirlendi. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bölgemizde kültür pozitifliği ile doğrulanan ADTB görülme sıklığı %4.5 olarak bulundu. Olguların en üretken yaşlarda görülmesi ülkemizin ekonomik kaybının boyutlarını göstermesi açısından önemlidir. ADTB tanısındaki gecikmeler tedavide sorunlara yol açmakta bu ise mortalite ve morbiditenin artmasına neden olmaktadır. 

Anahtar Kelimeler: Akciğer dışı tüberküloz, Tanı, Mikroskobik inceleme, Kültür
8. Yenidoğan Dışı Menenjit Şüpheli Hastalarda Bakteriyel Menenjit Etkenlerinin Klasik ve Moleküler Yöntemlerle Araştırılması
Investigation of Bacterial Meningitis Agents from Patients with Suspicion of Non-Neonatal Meningitis by Conventional and Molecular Methods
doi: 10.5222/TMCD.2017.205 Sayfalar:205-212
Mehmet Yarpuzlu, Gönül Aslan, Mahmut Ülger, Seda Tezcan Ülger, Gürol Emekdaş, Necdet Kuyucu, Ali Kaya

GİRİŞ ve AMAÇ: Pürülan menenjit vakalarının büyük kısmından Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae ve Neisseria meningitidis sorumludur. Bu çalışmada hastanemizde izole edilen yenidoğan dışı bakteriyel menenjit etkeni olan bu bakterilerin tanımlanması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya ……. Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi’nin çeşitli kliniklerinde yenidoğan dışı menenjit şüpheli 137 hastanın Beyin Omurilik Sıvısı (BOS) örnekleri dahil edildi. Örneklerin Gram boyamaları, hücre sayımı ve klasik kültürleri yapıldı. Kültürde üreyen suşların serotiplendirmeleri yapıldı. Bu bakteriyel etkenlerinin hızlı tanısı için BOS örneklerine polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve Lateks Aglütinasyon Testi (LAT) uygulandı.

BULGULAR: Hastaların 87 (%63.5)’si erkek ve 50 (%36.5)’si kadındı. Gram boyama ile BOS örneklerinde beş gram pozitif diplokok saptandı. Örneklerin dördünde (%2.9) kültür pozitifliği (üçünde S. pneumoniae, birinde H. influenzae), 18 (%13.1)’inde PZR pozitifliği ve 17 (%12.4)’sinde LAT pozitifliği tespit edildi. Bu üç yöntem ile bakteriyel menenjit tanı alan hasta sayısı 19 (%13.8) olarak belirlendi. S. pneumoniae suşlarının serotipleri 6A/B, 23F ve 8 olarak; H. influenzae suşunun serotipi ise tip b olarak belirlendi. 

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bakteri izolasyonu ve antibiyotik duyarlılığının belirlenmesi açısından kültür vazgeçilmez bir yöntem olsa da özellikle öncesinde antibiyotik kullanan hastalarda moleküler yöntemler ve LAT’ın kültürle beraber kullanılması bakteriyel menenjitin hızlı tanısında oldukça yararlı olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Akut bakteriyel menenjit, Kültür, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Lateks Aglütinasyon Testi

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın