Ana Sayfa ›› Dergiler ›› Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Eylül 2013 ›› Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Eylül 2012


Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Eylül 2012

http://www.tmc-online.org/

    

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):81-84, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.081
Derleme
Mikobakterilerde Dışa Atım Pompaları ve İlaç Direnci

Nur Merve KAYA, Zeynep SARIBAŞ
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

 
ÖZET
 

Tüberküloz, halen önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Mycobacterium tuberculosis’teki ilaç direnç mekanizmalarının anlaşılması, hastalığın kontrolu açısından önem taşımaktadır. M. tuberculosis’te ilaç direnci, başlıca, ilaç hedefi olan veya ilacı aktive edici enzimleri kodlayan genlerdeki spontan kromozomal mutasyonlara bağlı gelişse de, direnç, sadece bu mutasyonlarla açıklanamamaktadır. Hücre duvar geçirgenliğinin düşük olması, dışa atım pompaları ve inaktive edici enzimler mikobakterilerde ilaç direncine neden olan diğer mekanizmalardır. Bu derlemede M. tuberculosis’te yeni ilaç direnç mekanizması ve olası yeni ilaç hedefi olabilecek, dışa atım pompaları tartışılmıştır.

Anahtar kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, ilaç direnci, dışa atım pompası

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):85-92, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.085
Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağına (UEPLA) Dâhil Olan Bir Üniversite Hastanesinin Deneyimleri: Dört Yıllık Salmonella, Shigella ve Campylobacter Verileri

Dolunay GÜLMEZ *, Deniz GÜR **, Gülşen HASÇELİK *, Revasiye GÜLEŞEN ***, Belkıs LEVENT***
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı* ve İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı**, T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı Ulusal Enterik Patojenler Referans Laboratuvarı***

 
ÖZET
 

Amaç: Halk sağlığı açısından önemli patojenlere ait sürveyans, ulusal sağlık politikalarının belirlenebilmesinde ilk adımdır. Ülkemizde bildirimi zorunlu hastalıklar hakkındaki veriler, Sağlık Bakanlığınca toplanmaktadır. Salmonella, Shigella ve Campylobacter türleri, D grubu bildirimi zorunlu hastalıklar grubuna girmektedirler ve bildirim sistemine ek olarak, Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağı (UEPLA) kapsamında, sınırlı sayıda hastaneden suşlar ve verileri Ulusal Enterik Patojenler Referans Laboratuvarı’na gönderilmektedir. Bu çalışmada, UEPLA’ya katılan bir merkezde, çalışmaya alınan enterik patojenlerin yıllara ve mevsimlere göre dağılımları ile antibiyotik duyarlılıkları incelenmiştir.

Gereç ve Yöntem: Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarlarında 2008-2011 tarihleri arasında izole edilen Salmonella, Shigella ve Campylobacter suşları çalışmaya alınmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları Salmonella ve Shigella için disk difüzyon yöntemi ile CLSI önerilerine, Campylobacter türlerinde ise Etest yöntemi ile üretici firma önerilerine uyularak belirlenmiştir. Ulusal Enterik Patojenler Referans Laboratuvarında Salmonella için serovar, Shigella için tür serotip ve faz, Campylobacter için tür ayrımları yapılmıştır.

Bulgular: Farklı hastalardan izole edilen 171 Salmonella, 18 Shigella ve 53 Campylobacter suşuna ait veriler değerlendirilmiştir. En sık rastlanan Salmonella serovarı %61,4 ile Salmonella Enteritidis olup, yalnızca bir Salmonella Typhi bulunmuştur. En sık görülen Shigella türü %55,6 ile S. sonnei olmuştur. İzole edilen Campylobacter suşlarının %66’sı C. jejuni olarak tanımlanmıştır. Ampisilin, trimetoprim/sülfametoksazol, nalidiksik asit ve siprofloksasin direnci sırasıyla Salmonella için %12, %6, %17 ve %4; Shigella için %59, %72, %17 ve %6 olarak saptanmıştır. Campylobacter suşlarında eritromisine direnç gözlenmezken kinolonlara %81,8 tetrasikline %18,8 direnç bulunmuştur.

Sonuç: Besinle bulaşan hastalıklar tüm dünyada önemlerini korumaktadır. Sürveyans çalışmaları ile bölgesel verilerin toplanması, bu hastalıkların kontrol altına alınabilmesi için yararlı olacaktır.

Anahtar kelimeler: Salmonella, Shigella, Campylobacter

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):93-101, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.093
Araştırma
İnfluenza A Virüsünün Tanısında Hücre Kültürü, Real-time PCR, in-House PCR ve Hızlı Test Yöntemlerinin Karşılaştırılması

Seyhan Selvi ASLAN *, Meral AKÇAY ÇIBLAK *, Melis KANTURVARDAR TÜTENYURD*, 
Emel BOZKAYA **, Selim BADUR *
İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı, Ulusal İnfluenza Referans Laboratuvarı*, Haliç Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü**

 
ÖZET
 

Amaç: Bu çalışmada, influenza virüslerinin neden olduğu hastalıkların tanısında kullanılan hücre kültürü, “reverse transcription real-time polimerase chain reaction” (rRT-PCR), in-house PCR ve hızlı testlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin değerlendirilmesi ve birbirleri ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: İnfluenza benzeri hastalık (IBH) tanısı alan 100 hastanın sürüntü örneklerinde, hücre kültürü/immun capture-enzyme-linked immunosobant assay (IC-ELISA), rRT-PCR ve hızlı tanı testleri olmak üzere üç yöntem kullanılarak virüs aranmışken, 50 hastadan alınan örneklerde ilave olarak, in-house PCR ile de çalışılmıştır. Birinci grupta rRT-PCR yönteminde HA bölgesine ait primer-problar kullanılırken, ikinci grupta rRT-PCR ve in-house PCR yöntemlerinde M bölgesine ait primer-problar kullanılmıştır. Her iki grupta da, çelişkili bulguların saptandığı örnekler farklı gen bölgelerini hedefleyen primerlerin kullanıldığı üçüncü bir PCR “reverse transcription polymerase chain reaction enzyme hybridization assay” (RT-PCR-EHA) tekniği ile incelenmiştir.

Bulgular: Üç yöntemin karşılaştırıldığı 100 örneklik grupta hücre kültürü altın standart yöntem olarak kabul edilmiş, elde edilen sonuçlara göre rRT-PCR ve hızlı testlerin duyarlıkları sırayla %80 ve %14,5; özgüllükleri ise %91,1 ve %100 olarak saptanmıştır. In-house PCR’ın dördüncü bir yöntem olarak eklendiği 50 örneklik grupta ise gerçek pozitif örnekleri saptamak için en az iki testte pozitiflik kriteri aranmış, sonuçta hücre kültürü, rRT-PCR, in-house PCR ve hızlı testin duyarlılıkları sırasıyla %86,7, %100, %76,7, and %10, özgüllükleri ise %100, %85, %100 ve %100 olarak tespit edilmiştir.

Sonuç: Bu çalışmada, PCR tekniklerinin duyarlılık ve özgüllüklerinin arttırılması için uygun primer ve probların kullanılması, kalite kontrol ölçümlerinin yapılması ve gerektiğinde gerçek pozitif örneklerin saptanması için farklı laboratuvar tekniklerinin paralel çalışılması gibi parametrelerin önemi ortaya konmuş ve vurgulanmıştır.

Anahtar kelimeler: İnfluenza, sürveyans, tanı yöntemleri

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):102-105, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.102
Araştırma
Cryptosporidium Ookistlerinin Tanısında Kullanılan Direkt Floresan Antikor Testinin Retrospektif Değerlendirmesi

Akif Koray GÜNEY *, Kemal BİLGİN **, Nevzat ÜNAL ***, Murat HÖKELEK ****, 
Murat GÜNAYDIN ***
Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı*, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Sağlık Meslek Yüksekokulu** ve Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı***, İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı****

 
ÖZET
 

Amaç: Bu çalışmada, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Parazitoloji laboratuvarında Cryptosporidium ookistlerinin tespiti için kullanılan direkt floresan antikor (DFA) testinin üç yıllık sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Cryptosporidium ookistlerinin varlığı, Ocak 2008 ve Kasım 2010 tarihleri arasında parazitoloji laboratuvarına gönderilen 390 dışkı örneğinin kayıtları kullanılarak retrospektif olarak araştırılmıştır.

Bulgular: DFA testi ile 183 örnek (%47) pozitif olarak bulunmuş ve pozitifliğin en fazla olduğu yaş grubu 0-10 yaş olarak tespit edilmiştir. Pozitif örneklerin en fazla gönderildiği klinik gastroenteroloji kliniği olmuş ve pozitif hastaların %63’ünde herhangi bağışıklık sistemi bozukluğu tespit edilmemiştir.

Sonuç: Kriptosporidoz en sık çocuk popülasyonda görülmektedir. Parazit immunkompromize bireylerde ciddi ishallere neden olmakla birlikte, immunkompetan bireylerde de görülmektedir. Hastalığın yayılmasının engellenmesi ve tedavisi için tanıda duyarlılığı yüksek testlerin kullanılması son derece önemlidir.

Anahtar kelimler: Cryptosporidium, direkt floresan antikor testi, dışkı

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):106-109, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.106
Araştırma
Kan Kültürlerinden Direkt Olarak Çimlenme Borusu (Germ tüp) Testinin Değerlendirilmesi

Mustafa Altay ATALAY, Gonca DEMİR, Hafize SAV, Ayşe Nedret KOÇ
Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

 
ÖZET
 

Amaç: Kandidemilerin erken tanımlanması ve uygun antifungal tedaviye erken başlanması morbidite ve mortalite açısından önemlidir. Kandidemilerde Candida albicans dışı türlerin oranı artmasına rağmen, C. albicans halen en sık görülen tür olup, çoğu azollere duyarlıdır. Bu nedenle, hedeflenen ve maliyet etkin antifungal stratejiye yol göstermesi açısından C. albicans’ın hızlı tanısı, önemli bir basamaktır. Bu çalışmada, Gram boyama yöntemiyle maya görülen pozitif kan kültürü şişelerinden direkt çimlenme borusu testinin (ÇBT) yapılarak tanısal doğruluğunun değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Yaklaşık bir yıl boyunca (Haziran 2011-Temmuz 2012), Gram boyama yöntemiyle maya görülen tüm pozitif kan kültür şişelerinden Sabouraud dekstroz agara pasajlar yapılmış ve direkt ÇBT uygulanmıştır. Direkt ÇBT testi için 10–20µl kan kültür şişe içeriği alınmış ve tavşan serumu içerisine konularak 37ºC’de üç saat inkübe edildikten sonra değerlendirilmiştir. Geleneksel ÇBT, 24-48 inkübasyondan sonra pasajda üreyen kolonilerden yapılmış ve ayrıca izolatların tanımlanmasında mısır unu-Tween 80 agar besiyerindeki morfolojik görünümleri ve API 20C AUX (bioMérieux, Fransa) sistemi kullanılmıştır.

Bulgular: Toplam 67 izolatın 32’si (%47,8) C. albicans, 14’ü (%20,9) C. glabrata, 11’i (%16,4) C. parapsilosis, beşi (%7,5) C. keyfr, dördü (%6) C. krusei ve biri de (%1,5) C. tropicalis olarak tanımlanmıştır. Direkt ÇBT, C. albicans dışı türlerin hiçbirinde yalancı pozitiflik vermezken, iki C. albicans izolatı direkt ÇBT ile negatif bulunmuş ve direkt ÇBT’nin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla %94 ve %100 olarak tespit edilmiştir.

Sonuç: Direkt ÇBT’nin, geleneksel ÇBT kadar duyarlı olmasa da, kan kültürlerinden elde edilen C. albicans türlerinin hızlı ön tanısında güvenilir bir test olduğu ve erken antifungal ajan seçimine katkıda bulunabileceği kanaatine varılmıştır.

Anahtar kelimeler: Candida albicans, çimlenme borusu testi, kan kültürü

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):110-114, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.110
Araştırma
Bir Üniversite Hastanesi Su Sistemlerinde Legionella Türlerinin Araştırılması

Seyda İĞNAK, Bülent GÜRLER
İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

 
ÖZET
 

Amaç: Hastane su sistemlerinin Legionella türleri ile kolonizasyonu, özellikle bağışıklığı baskılanmış, cerrahi girişime maruz kalmış veya altta yatan kronik hastalığı bulunan kişilerde nozokomiyal lejyonelloza neden olabilmektedir. Bu çalışmada, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi su sistemlerinde Legionella türlerinin sıklığı ve kaynaklarının araştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Eylül 2006-Şubat 2007 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hasta-nesi’nin 15 farklı bölüm ve idare binasından 100 su örneği (92 duş başlığı ve musluk suyu, sekiz depo suyu) alınarak Legionella yönünden incelenmiştir. Örnekler, filtrasyon yöntemi ile konsantre edilmiş ve asit ile dekontaminasyon işlemi uygulanmıştır. Dekontaminasyon sonrası örnekler glisin, vankomisin, polimiksin B ve sikloheksimid içeren besiyerine (GVPC agar) ekilmiştir. Şüpheli kolonilerin tanımlamasında Gram boyama yöntemi ve oksidaz, katalaz, hippurat hidrolizi gibi biyokimyasal testler kullanılmış ve serogrup düzeyinde tanısı için lateks aglütinasyon ve direkt floresan antikor yöntemlerinden yararlanılmıştır.

Bulgular: Çalışılan örneklerin %7’sinde Legionella bakterisi bulunmuştur. Lejyoner hastalığı vakalarının önemli bir kısmından sorumlu tutulan Legionella pneumophila serogrup 1 izolasyon oranı ise %3 olarak belirlenmiştir. İzole edilen yedi suşun beş tanesi çocuk sağlığı ve hastalıkları servisinden alınan örneklerden, bir tanesi anestezi ve reanimasyon ünitesinden alınan örneklerden, bir tanesi ise su deposundan alınan örneklerden üremiştir. Üreme olan su deposunun beslediği servislerde ise Legionella saptanmamıştır.

Sonuç: Legionella türlerinin su sistemlerinde çoğalarak insan sağlığı açısından önemli bir risk faktörü oluşturduğu göz önünde bulundurulduğunda, bu ve bunun gibi araştırmaların ilgili meslek gruplarında farkındalık yaratabilmesi açısından önemli olduğu düşünülmektedir.

Anahtar kelimeler: Legionella türleri, su sistemleri, hastane enfeksiyonları

 

 

Türk Mikrobiyol Cem Derg 42(3):115-121, 2012
doi:10.5222/TMCD.2012.115
Olgu Sunumu
Etlik İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde İlk Kez Saptanan Vankomisine Dirençli Enterococcus faecium Suşları

Salih CESUR *, Nilgün ALTIN *, Göknur YAPAR TOROS *, Gülkan SOLGUN **, Ayşe TEKİN *, 
Aysun ALTUNTOP *, Ebru SALMAN ***, Özlem ÜNALDI ****, İrfan ŞENCAN *****
Sağlık Bakanlığı Etlik İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Kontrol Komitesi*, Mikrobiyoloji Laboratuvarı**, Anestezi ve Reanimasyon Kliniği***, Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Moleküler Tanı ve Araştırma Laboratuvarı****, Sağlık Bakanlığı Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği*****

 
ÖZET
 

İlk olarak Amerika ve Avrupa’da izole edilen vankomisine dirençli enterokoklar (VRE) artan oranda pek çok ülkeden ve Türkiye’den de bildirilmektedir. Bu çalışmada, Etlik İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi Anestezi ve Reanimasyon Ünitesi’nde yatan ve idrar kültüründe vankomisine dirençli Enterococcus faecium izole edilen bir olgu ve bu olgu ile ilişkili VRE rektal taşıyıcılığı ve çevre kontaminasyonunun araştırılması amaçlandı. Aynı zamanda VRE enfeksiyonu ve rektal taşıyıcılığı için risk faktörleri ve izole edilen VRE suşlarının linezolid, daptomisin ve teikoplanin duyarlılıklarına Etest yöntemiyle bakıldı. Yoğun bakım ünitesindeki toplam 18 hastadan alınan rektal sürüntü örneği ve 78 çevre örneği VRE yönünden tarandı. Çevre örneklerinde üreme olmazken, indeks olgu ve taranan iki hastanın rektal sürüntü örneklerinden VRE suşu izole edildi. İzole edilen toplam dört suşun E. faecium olduğu ve benzer antibiyotik duyarlılığa ve real time polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile vanA genotipine sahip oldukları belirlendi. Pulsed field jel elektroforez yöntemiyle yapılan moleküler tiplendirmede üç hastaya ait dört VRE suşunun da aynı moleküler patterne sahip olduğu gösterildi. Bu olgular Etlik İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde ilk saptanan VRE enfeksiyon ve rektal kolonizasyon olgularıydı.

Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli enterokok, rektal taşıyıcılık, PFGE

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın