Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi Aralık 2013

http://www.tmc-online.org/

    
Orijinal Araştırma
Klinik Örneklerde Mycobacterium tuberculosis Saptanmasında İki Gerçek Zamanlı PCR Sisteminin Tanısal Performansının Karşılaştırılması 
Olkar ABDULMAJED, A. Nedret KOÇ, Aslıhan GÜLTEKİN, M. Altay ATALAY
Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri
Amaç: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'na kabul edilen klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis suşlarını belirlemek için iki gerçek zamanlı PCR sistemlerinin tanısal performansının karşılaştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'na tüberküloz tanısı amacıyla gönderilen toplam 50 klinik örnek çalışmaya alındı. Kültür pozitif örneklerin 25'i M. tuberculosis kompleks (MTBC) grubu ve 7'si tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) olarak tanımlandı. BACTEC MGIT 960 sistem ile duyarlılık testleri çalışıldı. Toplam 50 klinik örneğin moleküler tanısı ise, Mycobacterium tuberculosis'i belirleyen gerçek zamanlı PCR; artus® M. tuberculosis RG PCR Kit (Qiagen, Hilden, Almanya) (artus® MTB-PCR) ve GeneXpert MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, CA, ABD) sistemleri ile yapıldı.

Bulgular: Her iki sistemde de klinik örneğin; %58'inde MTBC pozitif ve %42'sinde negatif olarak bulundu. Kültür yönteminin altın standart kabul edildiği bu çalışmada, artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF testlerinin sırasıyla duyarlılığı %72 ve %96, özgüllüğü %56 ve %80, pozitif prediktif değeri (PPD) %62 ve %82 ve negatif prediktif değeri (NPD) %66 ve %95 olarak saptandı. Artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF testi bulgularının karşılaştırılmasında da istatistiksel olarak fark yoktu (p>0.05). Kabul edilebilir düzeyde belirlendi (kappa=0.507; p<0.05). Bu çalışmada, 20 solunum sistemi ve 30 solunum sistemi dışı örneklerde; artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF sistemlerinin uyumu sırasıyla, %75 ve %95 ve %56.6 ve %83.3 olarak bulundu. BACTEC MGIT 960 SIRE testi ile rifampisin duyarlılık testine göre duyarlı olarak belirlenen bir klinik örnek GeneXpert MTB/RIF testi ile belirlenemedi.

Sonuç: GeneXpert MTB/RIF testi MTB'nin klinik örnekte belirlemede, duyarlılı ve özgüllüğü yüksek düzeyde olması ve kısa sürede sonuç verebilmesinden dolayı rutin laboratuvarlarda çalışılabilir. Ancak daha fazla klinik örnek içeren çalışmalara gereksinim vardır.

Anahtar Sözcükler: Mycobacterium tuberculosis, GeneXpert MTB/RIF sistem, gerçek zamanlı PCR, artus®, Real-time PCR


Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Pseudomonas Türlerinin Antibiyotiklere Direnci 
Fatma ESENKAYA TAŞBENT1, Metin DOĞAN2, Bahadır FEYZİOĞLU2, Mahmut BAYKAN2

1Konya Halk Sağlığı Müdürlüğü, Konya
2Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya
Amaç: Pseudomonas, yüksek mortaliteyle seyreden enfeksiyonlara neden olan fırsatçı bir patojendir. Bu çalışmanın amacı çeşitli örneklerden izole edilen Pseudomonas suşlarının antimikrobiyal direnç profilinin retrospektif olarak incelenmesidir.

Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada; Haziran 2011-Aralık 2013 döneminde çeşitli klinik örneklerden laboratuvarımıza gönderilen Pseudomonas izolatlarının antibiyotik direnç profilleri retrospektif olarak incelendi.

Bulgular: Çalışmaya; 440 (%39.8)'ı bronşiyal lavaj sıvısı, 123 (%11.1)'ü kan, 120 (%10.9)'si yara yeri, 110 (%9.9)'u idrar, 95 (%8,6)'i balgam, 74 (%6.7)'ü boğaz, 63 (%5.7)'ü trakeal aspirat, 61 (%5.6)'i drenaj ve 19 (%1.7)'u diğer (periton, plevra, BOS) örneklerden izole edilen toplam 1105 Pseudomonas türü dâhil edilmiştir. Klinik izolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) kriterleri doğrultusunda konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistem (VITEK 2, BioMérieux, Fransa) ile yapılmıştır. İzolatların 1064 (%96.3)'ü P. aeruginosa, 10 (%0,9)'u P. luteola, 9 (%0.8)'u P. fluorescens, 22 (%2)'si Pseudomonas spp. olarak tanımlanmıştır. Pseudomonas suşlarının antibiyotik direnç oranları; amikasine % 28.3, siprofloksasine %34.8, sefepime %37.5, gentamisine %39.1, seftazidime %41.5, levofloksasine %41.5, piperasilin-tazobaktama %45.3, imipeneme % 51, piperasiline % 51.4 ve meropeneme %54.1 olarak saptanmıştır. Kolistine direnç tespit edilmemiştir.

Sonuç: Çalışmada karbapenemlerin yüksek direnç oranları dikkat çekicidir. Kolistin ve amikasinin diğer antibiyotiklere göre daha etkili olduğu belirlenmiştir. Hastanemizdeki veya bölgemizdeki antimikrobiyal direnç oranlarının belirlenmesinin, ampirik tedaviye karar verilmesinde ve yeni direnç fenotiplerinin gelişiminin engellenmesinde yararlı olacağı düşünülmektedir.

Anahtar Sözcükler: Pseudomonas, antibiyotikler, direnç oranları


Kırıkkale Ağız Diş Sağlığı Merkezi Çalışanlarında HBsAg, Anti HBS, Anti HCV ve Anti HIV Seropozitifliği 
Havva AVCIKÜÇÜK, Serap SÜZÜK

Kırıkkale Yüksek İhtisas Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Kırıkkale
Amaç: Sağlık çalışanları kan ve vücut sıvılarıyla karşılaşmalarından dolayı enfekte olma riski altındadır. Bu çalışmada 2012 yılında Kırıkkale Ağız Diş Sağlığı Merkezinde görevli 118 sağlık çalışanında hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve insan immünyetmezlik virüsü (HIV) seropozitifliğini belirlemeyi amaçladık.

Gereç ve Yöntem: Çalışmada, toplam 118 sağlık çalışanın serum örneğinde hepatit B yüzey antijeni (HBsAg), hepatit B yüzey antikoru (anti-HBs), HCV antikoru (anti-HCV) ve HIV antikoru (anti HIV) kemilüminesans esasına dayanan ELISA yöntemi (Vitros ECİ Q, Ortho Clinical Diagnostics, ABD) ile çalışıldı.

Bulgular: Sağlık çalışanlarında HBsAg, anti HCV ve anti-HBs seropozitifliği sırasıyla %0.85, %1.69 ve %89.83 olarak bulundu. Anti HCV pozitif olan iki sağlık çalışanı ofis alanında çalışıyordu. Anti HIV, tüm merkez çalışanlarında negatif bulundu.

Sonuç: HBV, HCV ve HIV için risk altında bulunan sağlık çalışanlarının aralıklı olarak bu virüsler açısından taranması gerekmektedir. Kan yoluyla bulaşan hastalıklardan etkili bir korunma için aşılama ve standart enfeksiyon kontrol önlemleri alınmalıdır.

Anahtar Sözcükler: Sağlık çalışanları, HBV, HCV, HIV


Bir Üniversite Hastanesine Başvuran Hastalarda Gastroenterit Etkenlerinin Dağılımı: On Üç Aylık Veriler 
Özge ÜNLÜ1, Cemal ÇİÇEK2, Aslı FİLCAN2, Nermin ŞAKRU2, Hamdi Murat TUĞRUL2

1Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Edirne
2Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Edirne
Amaç: Ülkemizde gastroenterit etkenlerinin görülme sıklığı bölgelere ve yaşlara göre farklılık göstermektedir. Bu çalışmada Edirne ilinde gastroenterit yakınması ile üniversite hastanesine başvuran hastalarda gastroenterit etkenlerinin dağılımının ortaya konulması amaçlandı.

Gereç ve Yöntem: Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi (Hastanesi) Merkez Laboratuvarı'nda Haziran 2011-Temmuz 2012 tarihleri arasında dışkının mikrobiyolojik inceleme sonuçları retrospektif olarak incelendi. Kültür için gönderilen dışkıda, Salmonella ve Shigella izolasyonu için seçici ve zenginleştirici besiyerlerine ekim yapıldı. Parazit incelemesi için nativ-lugol inceleme uygulandı ve protozoon şüpheli olgularda trikrom boyama ile tanı konuldu. Clostridium difficile toksin araştırılması, Rida-quick C. difficile Toxin A/B (Almanya), Rotavirüs antijeni aranması Laboquick Rotavirus AgTest (Türkiye) ve Entamoeba histolytica tanısında adezin antijen araması Wampole E. histolytica II (ABD) kitleri ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda yapıldı. Bulgular üniversitemiz hastanesi 2001-2002 yılı verileri ile karşılaştırıldı.

Bulgular: Çalışmaya 957 kadın (%42.7) ve 1287 erkek (%57.3) hastadan alınan 2244 dışkı örneği dahil edildi ve 130 örnekte (%5.8) olası hastalık etkeni mikroorganizma saptandı. Salmonella ve Shigella olguların 32'sinde (%1.4) izole edildi ve izolasyon sıklığı 2001-2002 yılları verilerine (%9.3) göre anlamlı düzeyde düşük bulundu (p<0.001). Parazit araştırılan 1404 örneğin 23'ünde (%1.6) Blastocystis hominis ve 17'sinde (%1.2) Giardia intestinalis görüldü. Hiçbir dışkıda E. histolytica görülmezken, C. difficile toksini A/B araştırması için incelenen 192 örnekte 14 (%7.3) pozitifliğe rastlandı. Rotavirus araştırılan 152 hastadan 35'inde (%23) pozitif sonuç elde edildi ve pozitif sonuçların 32'si (%91) 0-15 yaş çocuklara aitti.

Sonuç: Çalışmamıza göre ishale neden olan bakteriyel ve paraziter etkenlerde düşüş olduğu gözlemlenmiştir. Ancak gastroenterit yakınması ile gelen çocuklarda diğer etkenlerin yanında rotavirusun de etken olabileceği akla getirilmelidir.

Anahtar Sözcükler: Gastroenterit, rotavirus, parazit, bakteri


Lactobacillus rhamnosus'un Sünme (Rope) Hastalığı Etkeni Olan Bacillus Cinsi Bakteriler Üzerine İnhibitör Etkisinin Unlarda Araştırılması 
Selçuk ARSLAN1, Zerrin ERGİNKAYA1, Mehmet ÖZASLAN2, İ. Halil KILIÇ2, Emel ÜNAL1

1Çukurova Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümü, Adana
2Gaziantep Üniversitesi Biyoloji Bölümü, Gaziantep
Amaç: On üç farklı ekmeklik undan izole edilen, 20 Bacillus spp. izolatının sünme etkeni olup, olmadıkları ve bu izolatlar üzerine probiyotik özellikte olan Lactobacillus rhamnosus'un, inhibisyon etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: İnhibisyon etki invitro olarak L. rhamnosus'a ait 24 ve 48 saatlik hücre ve kültür üst sıvısında, agar difüzyon ve sıvı ortamda incelenmiştir. Ayrıca L. rhamnosus'un Bacillus subtilis üzerine antibakteriyel etkisi ekmeklik undan elde edilen hamurda incelenmiştir.

Bulgular: L. rhamnosus'un Bacillus spp. üzerine inhibisyon etkisi sıvı ortamda, 20 izolattan 6 tanesinde gözlenmiştir. Agar difüzyon metodu ile belirlenen yöntemde, 24 saatlik inkübasyon sonunda L. rhamnosus kültür üst sıvısına 6 Bacillus sp. izolatı, L. rhamnosus hücrelerin ise 5 Bacillus sp. izolatı direnç göstermiştir. Kültür üst sıvısının 48 saatlik inkübasyonunda direnç gösteren izolat sayısı aynı kalırken, hücrede ise izolatların hepsi duyarlı olmuştur. B. subtilis ilave edilen hamurda 24 saat sonunda B. subtilis sayısı, 1.3x104 kob/g'dan >1x109 kob/g'a yükselirken, B. subtilis ve L. rhamnosus ile beraber yapılan ekimde 24 saat sonucunda 2.9x104 kob/g olarak bulunmuştur. Araştırmada kullanılan unlardan yapılan rope sayımında, en fazla kontaminasyon, fırınlarından alınan unlarda gözlenirken, en az kontaminasyon organik unlarda gözlenmiştir.

Sonuç: L. rhamnosus'un rope etkeni olan Bacillus spp. üzerine inhibisyon etkisi agar difüzyon, sıvı ortamda ve hamurda gözlenmiştir. Böylece insan sağlığına zararlı kimyasal koruyucuların yerine, insan sağlığına yararlı probiyotik biyokoruyucuların kullanabileceğini göstermiştir.

Anahtar Sözcükler: Lactobacillus rhamnosus, Bacillus spp., rop sporu


Derleme
Günümüzde Helicobacter pylori'nin İnsan Sağlığındaki Yeri; Zarar/Yarar Terazisinin Neresinde Duruyor? 
Reyhan ÇALIŞKAN, Bekir KOCAZEYBEK

İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul
Helicobacter pylori enfekte bireylerde asemptomatik enfeksiyon, gastrit, ülser, gastrik kansere neden olabilmektedir ve IARC tarafından Tip1 karsinojen olarak sınıflandırılmıştır. Gastrik kanser gelişiminde bakteriyel faktörler, konağa ait faktörler ve çevresel faktörler birlikte rol almaktadır. H. pylori'ye karşı oluşan immün yanıtta Treg yanıtı özellikle asemptomatik hastalarda gözlenirken, dominant Th1 yanıtı gelişmesi konağın yatkınlığıyla gastrik kansere zemin hazırlamaktadır. Günümüzde iyileşen yaşam şartları, enfeksiyonlara karşı aşılama politikaları ve kalabalık yaşamdan uzaklaşmayla atopik hastalıkların/astımın arttığı dikkati çekmektedir. Enfeksiyonlar ve atopik hastalıklar (özellikle astım) arasındaki ters ilişkinin vurgulandığı “Hijyen Hipotezi”ne göre; yaşamın erken döneminde enfeksiyon etkenleriyle karşılaşılmadığından Treg yanıtının gelişmemesi immüntoleransa engel olmakta ve Th2 yanıtının baskınlığıyla allerjik hastalıklar oluşmaktadır. H. pylori'nin gastrik kanserle ilişkisi pek çok çalışmayla ispatlanmışken, son yıllarda H. pylori'nin allerjik hastalıklardan korunma sağladığı yönünde yapılan çalışmalarda, enfekte bireylerde Treg artışının astımdan korunmada rol aldığı bildirilmektedir. Bu derlemede; H. pylori'nin gastrik kansere neden olması ve günümüzde günlük yaşamı etkileyen allerjik hastalıklardan/astımdan korunmada rol almasıyla iki farklı yönü tartışılmaktadır. Gastrik kanser yönünde pekçok çalışma mevcutken, allerjik hastalıklardan korunma yönünde daha pekçok çalışmanın yapılması gerektiği, ancak bu çalışmalar sonucunda “H. pylori'nin yararlı yönü de olan bir ajan mı?” sorusuna yanıt bulunabileceği açıktır. Önümüzdeki günlerin “H. pylori'nin bilinen zararlı yönünün yanında yararlı yönünden de faydalanılan bir ajan mı?” sorusuna çok ciddi olarak yanıtın arandığı günler olacağı düşüncesindeyiz.

Anahtar Sözcükler: Helicobacter pylori, gastrik kanser, astım, hijyen hipotezi

Olgu Sunumu
Kirli Bir Yaranın Cunninghamella ile Kolonizasyonu 
Burçak CÖMERT KOÇAK1, Kenan HIZEL2, Serhan TUNCER3, Feyza DEMİR4, Kayhan ÇAĞLAR1, Ayşe KALKANCI1, Semra KUŞTİMUR1
1Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
2Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
3Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Anabilim Dalı, Ankara
4Van Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Van
Cunninghamella türleri Mucoromycotina alt şubesinde yer alan küf mantarlarıdır. Mantar sporların inhalasyonu ya da travmaya bağlı cilt bütünlüğünün bozulmasıyla deriye inoküle olup, fırsatçı enfeksiyonlar yapabilmektedir. Bu raporda, araç içi trafik kazası sonrası oluşan kirli yaradan Cunninghamella bertholletiae olduğu düşünülen bir küf izolasyonu yapılan bir olgu sunulmaktadır. Otuz bir yaşında kadın hasta araç içi trafik kazası sonrası bilateral ön kol seviyesinden ampütasyon olması nedeniyle acil servise getirilmiştir. Opere edilen hastanın operasyon sonrası takibinde güdük bölgesinden akıntısı olmuştur. Akıntı kültüründe bir küf mantarı izole edilmiştir. Yara örneğinin direkt incelenmesinde yoğun septasız hifler görülmüştür. Küf mantarı, fenotipik olarak Cunninghamella bertholletiae olduğu düşünülmüştür. Hastanın takipleri sırasında kan şekeri yüksekliği saptanarak Tip II diyabet tanısı konmuştur. Yaranın debridmanı sonrasında akıntı kesilmiştir. Üreyen mantar deride kolonizasyon olarak kabul edilmiş ve antifungal tedavi verilmemiştir. Daha sonraki kültürlerinde üreme saptanmamıştır.

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Logos Tıp Yayıncılığı
Yildiz Posta Cad. Sinan Apt. No:36
D.63-64 Gayrettepe 34349 Istanbul
 
Fax :
(212) 288 0541
(212) 288 5022
(212) 211 6185
  E-mail
logos@logos.com.tr
  Google Maps için tıklayın